1. I. - L'agence est administrée par un conseil d'administration composé de représentants de l'Etat pour deux cinquièmes au moins, d'un député et d'un sénateur désignés par leur assemblée respective, de représentants des gestionnaires des différentes catégories d'aires marines protégées ou de leurs conseils ou comités de gestion, de collectivités territoriales intéressées et de leurs groupements compétents, d'un représentant du ou des parcs naturels régionaux intéressés, de représentants des organisations représentatives des professionnels, d'organisations d'usagers, d'associations de protection de l'environnement, des établissements publics de l'Etat compétents pour la recherche en mer, d'un représentant des organisations syndicales du personnel représentatives au plan national, ainsi que de personnalités qualifiées.
2. Des agents de la fonction publique territoriale peuvent être mis à disposition de l'agence.
3. II. - Les ressources de l'agence sont notamment constituées par des contributions de l'Etat et, le cas échéant, des gestionnaires d'aires marines protégées et des collectivités territoriales, par toute subvention publique ou privée et, s'il y a lieu, par des redevances pour service rendu et le produit de taxes.