1. Le directeur est nommé par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.
2. Il assure la gestion de l'Institut national de l'origine et de la qualité.
3. Sous l'autorité des présidents, il prépare les réunions du conseil permanent, des comités nationaux et de leur commission permanente, du conseil des agréments et contrôles et de ses formations restreintes ainsi que des comités régionaux. Il assiste à leurs séances avec voix consultative ou peut s'y faire représenter par un agent de l'établissement. Il assure l'exécution de leurs délibérations.
4. Il assure le fonctionnement des services de l'institut et prend les décisions individuelles relatives au personnel. Il est ordonnateur des dépenses et des recettes de l'institut.
5. Il peut recevoir délégation du président du conseil permanent pour accomplir les actes de la vie civile et représenter l'institut. L'acte par lequel le président du conseil permanent lui délègue sa signature peut désigner les agents de l'établissement autorisés à se substituer à lui en cas d'empêchement.
6. Il peut déléguer sa signature à des agents de l'établissement pour tous actes autres que ceux mentionnés à l'alinéa précédent et dans les limites qu'il détermine.
7. Il délivre les dérogations et autorisations individuelles mentionnées à l'article R. 642-2. Il peut en déléguer la délivrance conformément aux dispositions des règlements (CE) n° 834/2007 du Conseil du 28 juin 2007 et (CE) n° 889/2008 de la Commission du 5 septembre 2008.
8. Le directeur exerce en outre les compétences qui lui sont reconnues par l'article L. 642-11, dont il détermine les modalités de mise en œuvre par décisions publiées sur le site internet de l'institut.