1. Cours d'eau de 1ère catégorie.
2. (Salmonidés dominants).
3. 1° La Valserine ;
4. 2° L'Ain, en amont du confluent de l'Oignin ;
5. 3° Le Suran, la Valouse à l'exclusion du lac de retenue de Cize-Bolozon.
6. 4° La Seille, en amont du Pont de Cosges ; la Seillette, en amont du pont de la route départementale 470 N (commune de Villevieux) ; la Brenne, en amont du pont de la route de Toulouse-le-Château à Sellières, dit Pont de Bandin (commune de Sellières) ; la Vallière, en amont du rond-point de la Libération, à Lons-le-Saulnier.
7. 5° La Sorne, la Sonnette ;
8. 6° Le Besançon, en amont du pont de la voie ferrée de Lyon à Strasbourg, la Gizia ;
9. 7° L'Orain, en amont du pont de la route de Brainans à Villerserine ;
10. 8° La Loue ; la Furieuse ; le Lizon (affluents de la Loue) ;
11. 9° L'Orbe, à l'exclusion du lac des Rousses ;
12. 10° La Vèze ;
13. 11° Les affluents et sous-affluents des cours d'eau ou portions de cours d'eau situés dans le département et désignés ci-avant à l'exclusion des lac du Val, de Chambly et de Bonlieu.
14. Cours d'eau de 2ème catégorie.
15. (Cyprinidés dominants).
16. Tous les cours d'eau ou portions de cours d'eau, lacs et canaux non classés en première catégorie.