1. Cours d'eau de 1ère catégorie.
2. (Salmonidés dominants).
3. 1° L'Yonne et le Languison, en amont de leur confluent, sauf les parties recouvertes par le déversoir de Pannesière jusqu'à la ligne de transport d'énergie électrique située à 600 mètres en amont du pont routier reliant le hameau d'Ardilly à la route nationale n° 444 de Château-Chinon à Lormes ;
4. 2° La Houssière, sauf les parties recouvertes par le déversoir de Pannesière.
5. 3° L'Armance ;
6. 4° La Cure, sauf la partie du réservoir des Settons située en aval du pont Chevigny et la partie du bassin du Crescent située en aval du pont de Railly ; le Cousin, à l'exception du lac réservoir de Saint-Agnan.
7. 5° Le Ternin ou Tarenne ; le Vergne ou Braconne ;
8. 6° Le Veynon, en amont du moulin de la Roche, commune de Chougny ; le Guignon ; le Garat ; la Dragne ; la Roche ;
9. 7° La Nièvre de Dompierre, en amont du pont de Bizy (commune de Guérigny) ; la Sourde-Douceline.
10. 8° Le Mazou, en amont du pont de Narcy ;
11. 9° Les affluents du Nohain.
12. 10° La Vrille, affluent de la Loire, en amont du pont d'Annay (commune d'Annay) ;
13. 11° Les affluents et sous-affluents des cours d'eau ou portions de cours d'eau situés dans le département et désignés ci-avant, sauf les sections du Chalaux recouvertes par la retenue de Chaumeçon, en aval du moulin de Tala et par la retenue de Crescent, en aval de la passerelle des Patouillats.
14. Cours d'eau de 2ème catégorie.
15. (Cyprinidés dominants).
16. Tous les cours d'eau ou portions de cours d'eau non classés en 1ère catégorie.