1. Cours d'eau de 1ère catégorie.
2. (Salmonidés dominants).
3. 1° Le Montlerupt ;
4. 2° La Lanterne, en amont du pont routier de Conflans-sur-Lanterne, à l'exception de la section comprise entre son confluent avec le Breuchin et le pont routier de Citers.
5. 3° La Seyotte ;
6. 4° La Baignotte, le Batard, la Colombine, non compris sa dérivation depuis le barrage situé entre l'étang Razel et la ligne Paris-Bâle (sur le territoire de la commune de Vesoul) jusqu'au confluent de cette dérivation avec le Durgeon ; la Meline ;
7. 5° La Romaine ;
8. 6° L'Ognon, en amont du pont de Longevelle ; la rigole du Rahin reliant ce cours d'eau au bassin-réservoir de Champagney.
9. 7° Le Rognon, en amont du pont de Moffans ;
10. 8° La Linotte et la Quenoche, en amont de leur confluent ;
11. 9° Le bief de Marlez, le Malgérard, le Buthiers, la Tounole ;
12. 10° La Vauvenise ; le ruisseau d'Anthon ;
13. 11° Les Ecoulottes, en amont du déversoir de Patouillet à Arc-lès-Gray.
14. 12° Les affluents et sous-affluents des cours d'eau ou portions de cours d'eau situés dans le département et désignés ci-avant.
15. 16° La Morthe et ses affluents à partir du pont routier du C.D. 185 en amont de la commune de Citey.
16. Cours d'eau de 2ème catégorie.
17. (Cyprinidés dominants).
18. Tous les cours d'eau ou portions de cours d'eau non classés en première catégorie, et notamment le bassin-réservoir de Champagney.