1. Le comité est soumis au contrôle budgétaire prévu par le décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012.
2. Les attributions du contrôleur budgétaire sont définies par arrêté du ministre de l'économie, des finances et du budget.
3. Un commissaire du Gouvernement désigné par le ministre de l'éducation nationale et le contrôleur budgétaire désigné par le ministre de l'économie, des finances et du budget les représentent respectivement auprès du comité.
4. Ils assistent de droit, sans prendre part au vote, à toutes les séances du comité ainsi qu'à celles de toutes commissions créées par celui-ci. Ils peuvent se faire représenter.
5. Les décisions du comité sont notifiées par écrit au commissaire du Gouvernement et au contrôleur budgétaire ; elles deviennent exécutoires de plein droit si l'un ou l'autre n'y a pas opposé son véto dans un délai de quinze jours à compter de cette notification. Ce véto cesse d'avoir effet s'il n'est pas confirmé par le ou les ministres intéressés dans le délai d'un mois à compter de sa notification au comité.