1. En fin d'exercice, un compte financier est préparé au niveau régional et adressé à la direction générale de l'agence. Après regroupement, l'agent comptable établit le compte financier de l'Agence nationale pour l'emploi. Celui-ci est soumis par l'ordonnateur au conseil d'administration, qui l'arrête, après avoir entendu l'agent comptable, puis le transmet pour approbation au ministre délégué auprès du Premier ministre, chargé de l'emploi, et au ministre chargé du budget. Après approbation, l'agent comptable adresse le compte financier dans les conditions fixées par l'article 187 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 au ministre chargé du budget qui le transmet à la Cour des comptes.
2. Après le quitus général délivré à l'agent comptable principal par la Haute Juridiction, celui-ci délivre le quitus aux comptables secondaires, conformément aux dispositions du décret n° 64-685 du 2 juillet 1964.