1. Le secrétariat général de la commission est assuré par le Commissariat général à l'égalité des territoires. Il établit l'ordre du jour des réunions de la commission.
2. Le secrétariat général est chargé notamment de l'information des porteurs de projet ainsi que de la détermination de l'éligibilité de leur demande. Il arrête la date de prise en compte du début du programme.
3. Il instruit les demandes de prime d'aménagement du territoire, dès lors que les dossiers sont complets. Dans ce cadre, il sollicite toutes informations utiles auprès des services déconcentrés de l'Etat et peut faire procéder à une analyse stratégique et financière externe du projet.
4. Le secrétariat général établit et communique, en début d'année pour l'année échue, à l'ensemble des membres de la commission et aux préfets de région un bilan d'activité de l'exercice clôturé.