1. I. ― La direction de l'ingénierie coordonne l'établissement des avis, expertises et conseils dans les domaines du transport, de l'aménagement durable, de l'environnement et de l'innovation navale. Elle s'assure de la prise en considération des évolutions technologiques et du développement durable au sein de la doctrine et des méthodes pour l'ingénierie.
2. II. ― La direction de l'ingénierie comprend trois départements :
3. ― le département multimodalité ;
4. ― le département environnement et aménagement ;
5. ― le département ingénierie et innovation navales.
6. III. ― Le département multimodalité traite des questions d'infrastructures et d'exploitation liées au transport maritime et fluvial intégrant les considérations de développement durable et de gestion patrimoniale.
7. IV. ― Le département environnement et aménagement traite des questions hydrauliques et sédimentaires maritimes et fluviales ainsi que de l'évaluation environnementale des projets d'infrastructures ou d'aménagements. Il a également en charge la participation du service à la conception et la mise en œuvre des politiques de prévention des risques, d'adaptation au changement climatique, de maintien de la qualité environnementale maritime et fluviale et de lutte contre les pollutions.
8. V. ― Le département ingénierie et innovation navales traite de l'ensemble des questions d'innovation technique et technologique appliquées à la navigation maritime et fluviale.