1. Le département des partenariats et de l'innovation assure la coordination des relations avec les interlocuteurs internes au ministère, avec les collectivités locales et avec la profession. Il conduit le processus de déploiement annuel du projet de service et d'établissement du programme d'action ; il organise le dialogue de gestion avec les directions d'administration centrale.
2. En charge de l'innovation et du développement, il favorise les actions du SETRA dans son rôle d'innovateur et de promotion des innovations ; il développe les partenariats et coordonne les actions internationales.
3. Le département est en charge de la normalisation et des agréments techniques européens (ATE) ; il coordonne l'intervention des experts dans les différentes instances de normalisation françaises, européennes et internationales concourant à l'élaboration des normes et des référentiels techniques dans les champs de compétences du SETRA. Les bureaux de normalisation hébergés au SETRA lui sont rattachés.