1. Le conseil scientifique, présidé par le directeur de l'Institut, est consulté sur ses grandes orientations, notamment en matière pédagogique, ainsi que sur la programmation des sessions nationales, thématiques, régionales et internationales. Il peut également être consulté sur les projets de convention avec les organismes de recherche ou toute autre institution avec lesquels l'Institut travaille en partenariat. Il apporte son expertise sur les rapports de l'éducation avec la société.
2. Le conseil scientifique est réuni une à deux fois par an sur convocation de son président qui en fixe l'ordre du jour, et sans condition de quorum. Ses avis ne sont pas publics.
3. Il est composé de quinze personnalités qualifiées choisies pour leur expertise dans les domaines de l'éducation, de la formation et de l'enseignement supérieur et de la recherche. Les membres du conseil scientifique sont nommés par arrêté des ministres chargés de l'éducation nationale et de l'enseignement supérieur et de la recherche pour une durée de trois ans renouvelable une fois. En cas de vacance, démission ou toute autre cause, le nouveau membre est nommé pour la durée du mandat restant à courir.