1. La deuxième sous-direction assure la synthèse en matière de politique salariale et de l'emploi dans la fonction publique et le secteur public, en matière de budgétisation des dépenses de personnel ainsi qu'en matière statutaire et indemnitaire pour les personnels civils et militaires de la fonction publique.
2. Elle intervient dans la prévision des charges et recettes du régime des pensions de l'Etat, en liaison avec la sixième sous-direction.
3. Elle est chargée de l'instruction des rémunérations individuelles, notamment des dirigeants d'entreprises et organismes publics, dont la fixation est de la compétence du ministre chargé du budget.
4. Elle est chargée d'animer la fonction financière de l'Etat et participe ainsi à la promotion de la performance de la dépense publique.
5. Elle établit les règles et les nomenclatures relatives à la gestion budgétaire et comptable publique, avec la direction générale des finances publiques et la première sous-direction.
6. Elle est chargée des travaux relatifs aux processus de gestion budgétaire et comptable et aux modalités d'organisation financière de l'Etat, avec la direction générale des finances publiques.
7. Elle définit les principes et règles de gestion budgétaire et comptable applicables aux opérateurs de l'Etat et aux autres organismes soumis à la gestion budgétaire et comptable publique.
8. Elle définit, avec la direction générale des finances publiques, le cadre de référence interministériel relatif au contrôle interne financier, applicable à l'Etat et aux organismes. Elle appuie les ministères et les organismes dans le déploiement et l'exercice du contrôle interne financier dans son volet budgétaire.
9. Elle assure la maîtrise d'ouvrage sur les systèmes d'information interministériels dans les domaines relevant de la compétence de la direction.
10. Elle produit les référentiels en matière de performance et d'analyse des coûts.
11. Elle anime les travaux interministériels relatifs au développement du contrôle de gestion et de la comptabilité analytique au sein de l'Etat.
12. Elle anime et coordonne le réseau du contrôle budgétaire et contribue à sa gestion.