1. La sous-direction du contrôle des activités maritimes est chargée de la conception et de la mise en œuvre de la politique de contrôle de l'ensemble des activités maritimes relevant de la direction générale des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture (DGAMPA).
2. Elle anime et coordonne les politiques de contrôle en matière de pêche, d'aquaculture, de police de permis d'armement, de navigation, de plaisance et de nautisme, de gens de mer, de cultures marines et d'environnement marin, ainsi que les services chargés de leur mise en œuvre.
3. Elle a autorité sur le centre national de surveillance des pêches et sur le centre d'appui au contrôle de l'environnement marin.
4. Elle définit la politique de contrôle des pêches maritimes et des produits de la pêche, tant en mer qu'au débarquement et à terre et en fixe les objectifs nationaux. A ce titre, elle supervise et coordonne l'action des différents services et administrations concernés et elle organise le recueil des documents déclaratifs obligatoires.
5. Elle assure la représentation française aux instances européennes de contrôle des pêches. Elle assure le suivi et la mise en œuvre nationale des mesures de contrôles des organisations régionales des pêches. Elle organise la contribution française aux objectifs européens. Elle participe aux travaux des instances européennes et internationales compétentes dans ses domaines d'attribution.
6. Elle définit et met à disposition des services de contrôle les moyens nécessaires à l'exécution des plans de contrôle.
7. Elle élabore la politique d'emploi et de maintien en condition du dispositif de contrôle et de surveillance des affaires maritimes, assure l'établissement des programmes d'équipement, d'entretien et de renouvellement des moyens nautiques et le suivi de leur exécution.
8. Elle pilote la modernisation des outils et des moyens de contrôle.
9. Elle assure le pilotage des contrôles en mer et la coordination de l'action des moyens nautiques et aériens des administrations engagés dans une mission de surveillance des pêches maritimes, en mer et au débarquement.
10. Elle assure l'appui et le guidage des unités de contrôle vers les enjeux prioritaires de protection de l'environnement marin.
11. Elle assure le rapportage des actions de contrôle des pêches et de l'environnement marin.