1. Le directeur de l'école est nommé par le conseil d'administration pour un mandat d'une durée de quatre ans, renouvelable deux fois, après appel public à candidatures publié au Journal officiel de la République française et sur rapport d'une commission composée de trois membres élus en son sein par le conseil d'administration. Le président de la Fondation de coopération scientifique Jean-Jacques Laffont, Toulouse sciences économiques, rend un avis sur chaque candidature à l'attention du conseil d'administration. Le règlement intérieur précise les modalités de cette désignation.
2. Les fonctions de directeur sont incompatibles avec l'exercice, au sein de l'établissement, de toute fonction élective et de toute fonction de responsable d'une structure interne.
3. La limite d'âge du directeur est fixée à 70 ans. Il ne peut être mis fin à ses fonctions que sur proposition du conseil d'administration de l'école ou, s'il n'est pas à l'origine de la proposition, après avis conforme de ce conseil.