1. La sous-direction des affaires financières a pour missions :
2. 1° De piloter la politique budgétaire des ministères, de coordonner la préparation, la présentation et l'exécution des programmes des ministères en lien avec les différents responsables de ces programmes, le ministère chargé du budget, les assemblées parlementaires et les juridictions financières et d'assurer, pour le responsable des programmes-soutien, la préparation, la répartition, le suivi de l'exécution ainsi que la synthèse des crédits de ces programmes ;
3. 2° De piloter la gestion financière des emplois et de la masse salariale en lien avec la direction des ressources humaines ;
4. 3° D'assurer la tutelle budgétaire et financière des agences régionales de santé ainsi que la maîtrise d'ouvrage de leur système d'information budgétaire et comptable ;
5. 4° De définir et conduire la démarche de performance et de contrôle de gestion ainsi que de construire et déployer les outils d'aide au pilotage, notamment des réseaux territoriaux ;
6. 5° D'assurer la mise en œuvre des comptabilités budgétaire, générale et d'analyse des coûts en lien avec les comptables publics, d'animer les démarches de contrôle interne financier et d'assurer l'administration du système d'information financière de l'Etat et l'appui à son utilisation ;
7. 6° D'exécuter les dépenses de l'administration centrale et d'en assurer la restitution en lien avec les différents services centraux.