1. Les établissements-composantes, les établissements associés et les établissements partenaires de l'UBE conservent les compétences liées à leur personnalité morale ainsi que leurs prérogatives telles que définies dans les textes réglementaires qui les instituent. Ils peuvent transférer ou déléguer à leur demande l'exercice de certaines d'entre elles à l'UBE dans les conditions fixées par les présents statuts et à celles prévues dans leurs propres statuts.
2. Les établissements-composantes, les établissements associés et les établissements partenaires développent leur stratégie propre et exercent leurs compétences en cohérence avec la stratégie de l'UBE qu'ils contribuent à construire et mettre en œuvre.
3. Les établissements-composantes, les établissements associés, les établissements partenaires continuent à percevoir directement de l'Etat, des collectivités territoriales ainsi que de toute autre source les subventions qui leur sont allouées, à adopter leur budget, et conservent l'autorité sur leurs personnels, l'affectation et la gestion de ceux-ci. Les établissements-composantes et les établissements associés qui bénéficient d'une accréditation à délivrer leurs diplômes la conservent.
4. Les campus et activités des établissements-composantes et des établissements associés et partenaires situés hors de la région Bourgogne-Franche-Comté n'entrent pas dans le champ d'activités et des transferts de compétences définis ci-dessous, ni des missions de l'UBE, sauf si l'établissement-composante et les établissements associés en font la demande.