1. Les déchets et les sous-produits animaux fermentescibles, y compris ceux récupérés en amont du dégrillage, sont conservés dans des locaux ou dispositifs adaptés pour éviter les odeurs, le contact avec les eaux pluviales et l'accès à ces matières par d'autres animaux.
2. Pendant le stockage et au moment de l'enlèvement de ces déchets et sous-produits, et notamment dans les abattoirs de ruminants procédant au retrait des MRS, les jus d'écoulement sont dirigés vers l'installation de prétraitement des effluents d'abattoir.
3. Les eaux résultant du nettoyage des locaux et des dispositifs de stockage des déchets et sous-produits (bacs ayant contenu des viandes et des abats saisis et, dans les abattoirs de ruminants, des MRS) sont collectées et dirigées vers l'installation de prétraitement des effluents de l'abattoir.
4. Les cadavres, déchets et sous-produits fermentescibles non destinés à la consommation humaine sont enlevés ou traités à la fin de chaque journée de travail s'ils sont entreposés à température ambiante. Tout entreposage supérieur à 24 heures est réalisé dans des locaux ou dispositifs assurant leur confinement, le cas échéant réfrigérés.
5. L'aire réservée aux fumiers et matières stercoraires est implantée de façon à ne pas gêner le voisinage. Elle est protégée des intempéries et isolée de façon à récupérer les jus d'égouttage afin de les diriger vers la station de prétraitement de l'établissement ou les ouvrages de stockage du lisier.
6. A l'exception des procédés de traitement anaérobies, l'apparition de conditions anaérobies dans les bassins de stockage ou de traitement ou dans les canaux à ciel ouvert est évitée en toutes circonstances. Ces installations sont pourvues de dispositifs d'aération et/ou couvertes, si cela s'avère nécessaire.