1. Les eaux atteintes par la pollution et celles qui sont susceptibles de l'être si les mesures prévues à l'article 5 ne sont pas prises sont définies par les États membres en fonction des critères fixés à l'annexe I.
2. Dans un délai de deux ans à compter de la notification de la présente directive, les États membres désignent comme zones vulnérables toutes les zones connues sur leur territoire qui alimentent les eaux définies conformément au paragraphe 1 et qui contribuent à la pollution. Ils notifient cette désignation initiale à la Commission dans un délai de six mois.
3. Lorsque des eaux définies par un État membre conformément au paragraphe 1 sont touchées par la pollution des eaux d'un autre État membre qui y sont drainées directement ou indirectement, l'État membre dont les eaux sont touchées peut notifier les faits à l'autre État membre ainsi qu'à la Commission.
Les États membres concernés procèdent, le cas échéant avec la Commission, à la concertation nécessaire pour identifier les sources concernées et les mesures à prendre en faveur des eaux touchées afin d'en assurer la conformité avec la présente directive.
4. Les États membres réexaminent et, au besoin, révisent ou complètent en temps opportun, au moins tous les quatre ans, la liste des zones vulnérables désignées, afin de tenir compte des changements et des facteurs imprévisibles au moment de la désignation précédente. Ils notifient à la Commission, dans un délai de six mois, toute révision ou ajout apporté à la liste des désignations.
5. Les États membres sont exemptés de l'obligation de désigner des zones vulnérables spécifiques lorsqu'ils établissent et appliquent à l'ensemble de leur territoire national les programmes d'action visés à l'article 5 conformément à la présente directive.