La quantité de quotas délivrée chaque année pour l’ensemble de l'Union à compter de 2013 diminue de manière linéaire à partir du milieu de la période 2008-2012. Cette quantité diminue d’un facteur linéaire de 1,74 % par rapport au total annuel moyen de quotas délivré par les États membres conformément aux décisions de la Commission relatives à leurs plans nationaux d’allocation de quotas pour la période 2008-2012. La quantité de quotas délivrée pour l'ensemble de l'Union n'augmentera à la suite de l'adhésion de la Croatie que de la quantité de quotas que la Croatie met aux enchères en vertu de l'article 10, paragraphe 1.
À partir de 2021, le facteur linéaire est de 2,2 %.
En 2024, la quantité de quotas pour l’ensemble de l’Union est diminuée de 90 millions de quotas. En 2026, la quantité de quotas pour l’ensemble de l’Union est diminuée de 27 millions de quotas. En 2024, la quantité de quotas pour l’ensemble de l’Union est augmentée de 78,4 millions de quotas pour le transport maritime. Le facteur linéaire est de 4,3 % de 2024 à 2027 et de 4,4 % à partir de 2028. Le facteur linéaire s’applique également aux quotas correspondant aux émissions moyennes liées aux activités de transport maritime déclarées conformément au règlement (UE) 2015/757 pour 2018 et 2019 et visées à l’article 3 octies bis de la présente directive. La Commission publie la quantité de quotas pour l’ensemble de l’Union au plus tard le 6 septembre 2023.
À partir du 1er janvier 2026 et du 1er janvier 2027 respectivement, la quantité de quotas est augmentée pour tenir compte des émissions de gaz à effet de serre autres que les émissions de CO2 des activités de transport maritime et des émissions des navire(s) de haute mer, sur la base de leurs émissions au cours de l’année la plus récente pour laquelle des données sont disponibles. Nonobstant l’article 10, paragraphe 1, les quotas qui résultent de cette augmentation sont rendus disponibles pour soutenir l’innovation conformément à l’article 10 bis, paragraphe 8.