1. Le présent règlement s'applique au transport d'animaux vertébrés vivants à l'intérieur de la Communauté, y compris les contrôles spécifiques des lots entrant sur le territoire douanier de la Communauté ou quittant celui-ci auxquels doivent procéder les fonctionnaires compétents.
2. Seuls les articles 3 et 27 s'appliquent aux cas suivants:
a) le transport d'animaux effectué par les éleveurs avec leurs propres véhicules ou moyens de transport agricoles lorsque les conditions géographiques requièrent le transport en vue de la transhumance saisonnière de certains types d'animaux;
b) transport effectué par les éleveurs de leurs propres animaux, avec leurs propres moyens de transport, sur une distance inférieure à 50 km de leur exploitation.
3. Le présent règlement ne fait pas obstacle à d'éventuelles mesures nationales plus contraignantes visant à améliorer le bien-être des animaux au cours des transports se déroulant entièrement sur le territoire d'un État membre ou pour les transports maritimes au départ du territoire d'un État membre.
4. Le présent règlement s'applique sans préjudice de la législation vétérinaire communautaire.
5. Le présent règlement ne s'applique pas au transport d'animaux qui n'est pas effectué dans le cadre d'une activité économique ni au transport direct d'animaux à destination ou en provenance de cabinets ou de cliniques vétérinaires qui a lieu sur avis d'un vétérinaire.