Le présent règlement établit les critères microbiologiques applicables à certains micro-organismes et les règles d'application que les exploitants du secteur alimentaire doivent observer lorsqu'ils mettent en œuvre les mesures d'hygiène générales et spécifiques visées à l'article 4 du règlement (CE) no 852/2004. L'autorité compétente vérifie le respect des règles et des critères énoncés dans le présent règlement conformément au règlement (CE) no 882/2004, sans préjudice de son droit d'entreprendre d'autres échantillonnages et analyses en vue de détecter et de mesurer d'autres micro-organismes, leurs toxines ou métabolites, dans le cadre soit d'une vérification de procédé, pour les denrées alimentaires suspectées de présenter un danger, soit d'une analyse des risques.
Le présent règlement s'applique sans préjudice des autres dispositions particulières relatives au contrôle des micro-organismes arrêtées dans la législation communautaire, notamment des normes sanitaires applicables aux denrées alimentaires prévues dans le règlement (CE) no 853/2004 du Parlement européen et du Conseil, des dispositions concernant les parasites contenues dans le règlement (CE) no 854/2004 du Parlement européen et du Conseil et des critères microbiologiques énoncés dans la directive 80/777/CEE du Conseil.