1. Le directeur exécutif de l'Agence est nommé par le conseil d'administration sur la base d'une liste de candidats proposée par la Commission à la suite d'un appel de manifestations d'intérêt publié au Journal officiel de l'Union européenne et dans d'autres organes de presse ou sur des sites internet.
Le directeur exécutif est nommé sur la base de ses qualités personnelles et de ses compétences avérées en matière d'administration et de gestion, ainsi que sur la base de l'expérience qu'il a acquise dans le domaine de la sécurité des substances ou de la réglementation en la matière. Le conseil d'administration prend sa décision à la majorité des deux tiers des membres ayant voix délibérative.
Le conseil d'administration peut révoquer le directeur exécutif selon la même procédure.
Avant sa nomination, le candidat retenu par le conseil d'administration est invité dans les meilleurs délais à faire une déclaration devant le Parlement européen et à répondre aux questions des membres du Parlement européen.
2. Le mandat du directeur exécutif est de cinq ans. Il peut être prorogé une fois, pour une durée maximale de cinq ans, par le conseil d'administration.