1. Le directeur exécutif exerce les fonctions d'ordonnateur et exécute le budget de l'Agence.
2. Le contrôle de l'engagement et du paiement de toutes les dépenses de l'Agence, ainsi que le contrôle de l'établissement et du recouvrement de toutes les recettes de l'Agence sont assurés par le comptable de celle-ci.
3. Au plus tard le 1er mars suivant la fin de chaque exercice budgétaire, le comptable de l'Agence communique au comptable de la Commission les comptes provisoires accompagnés d'un rapport sur la gestion budgétaire et financière pour cet exercice. Le comptable de la Commission consolide les comptes provisoires des institutions et des organismes décentralisés conformément à l'article 128 du règlement (CE, Euratom) no 1605/2002 du Conseil du 25 juin 2002 portant règlement financier applicable au budget général des Communautés européennes.
4. Au plus tard le 31 mars suivant la fin de chaque exercice budgétaire, le comptable de la Commission transmet à la Cour des comptes les comptes provisoires de l'Agence, accompagnés d'un rapport sur la gestion budgétaire et financière pour cet exercice. Le rapport sur la gestion budgétaire et financière pour cet exercice est aussi transmis au Parlement européen et au Conseil.
5. Dès réception des observations formulées par la Cour des comptes sur les comptes provisoires de l'Agence, en application de l'article 129 du règlement (CE, Euratom) no 1605/2002, le directeur établit les comptes définitifs de l'Agence sous sa propre responsabilité et les transmet au conseil d'administration pour avis.
6. Le conseil d'administration rend un avis sur les comptes définitifs de l'Agence.
7. Le 1er juillet de l'année suivante au plus tard, le directeur exécutif envoie les comptes définitifs, accompagnés de l'avis du conseil d'administration, au Parlement européen, au Conseil, à la Commission et à la Cour des comptes.
8. Les comptes définitifs sont publiés.
9. Le directeur exécutif envoie à la Cour des comptes une réponse à ses observations, le 30 septembre au plus tard. Il envoie aussi cette réponse au conseil d'administration.
10. Le Parlement européen, agissant sur recommandation du Conseil, donne avant le 30 avril de l'exercice N + 2, décharge au directeur exécutif sur l'exécution du budget de l'exercice N.