1. Le comité scientifique se compose de onze personnalités indépendantes hautement qualifiées dans le domaine des droits fondamentaux et disposant de compétences suffisantes en matière de méthodes de qualité et de recherche scientifiques. Le conseil d'administration désigne les onze membres et approuve une liste de réserve dressée par ordre de mérite à la suite d'un appel à candidatures et d'une procédure de sélection transparents, après avoir consulté la commission compétente du Parlement européen. Le conseil d'administration veille à assurer une représentation géographique équilibrée et s'efforce de parvenir à une représentation égale des femmes et des hommes au sein du comité scientifique. Les membres du conseil d'administration ne sont pas membres du comité scientifique. Le règlement intérieur visé à l'article 12, paragraphe 6, point g), précise les modalités de la désignation des membres du comité scientifique.
2. Le mandat des membres du comité scientifique est de cinq ans. Ce mandat n'est pas renouvelable.
3. Les membres du comité scientifique sont indépendants. Ils ne peuvent être remplacés que sur leur demande, ou en cas d'empêchement permanent. Toutefois, lorsqu'un membre ou un suppléant ne remplit plus les critères d'indépendance, il démissionne immédiatement et le notifie à la Commission et au directeur. Il est également possible que le conseil d'administration déclare, sur proposition d'un tiers de ses membres ou de la Commission, que l'intéressé ne remplit plus les critères d'indépendance, et révoque la désignation de l'intéressé. Le conseil d'administration désigne la première personne disponible sur la liste de réserve pour la durée du mandat restant à courir. Lorsque la durée du mandat restant à courir est inférieure à deux ans, le mandat du nouveau membre ou du nouveau suppléant peut être prolongé pour un mandat complet de cinq ans. L'Agence publie et tient à jour sur son site internet la liste des membres du comité scientifique.
4. Le comité scientifique élit son président et son vice-président pour un mandat d'un an.
5. Le comité scientifique est le garant de la qualité scientifique des travaux de l'Agence et oriente les travaux à cet effet. À cette fin, le directeur associe le comité scientifique, dès que cela semble opportun, à la préparation de tous les documents élaborés conformément à l'article 4, paragraphe 1, points a) à f) et h).
Le comité scientifique conseille en particulier le directeur et l'Agence sur la méthode de recherche scientifique appliquée dans le cadre des travaux de l'Agence.
6. Le comité scientifique statue à la majorité des deux tiers. Il est convoqué par son président quatre fois par an. Si nécessaire, le président peut lancer une procédure écrite ou convoquer des réunions extraordinaires de sa propre initiative ou à la demande d'au moins quatre membres du comité scientifique.