1. Les membres mandatés du comité de suivi conjoint arrêtent à l’unanimité son règlement intérieur.
2. Le comité de suivi conjoint décide par consensus. Il peut toutefois recourir à une procédure de vote dans certains cas, notamment lorsqu’il procède au choix final des projets et des montants de subvention qui leur sont alloués. Lors de cette procédure de vote, chaque pays dispose d’une seule voix quel que soit le nombre de ses représentants.
3. Les représentants mandatés élisent un président. Le comité peut décider de confier le rôle de président à un représentant de l’autorité de gestion commune ou à une autre personnalité extérieure.
Le président du comité de suivi conjoint assure le rôle d’arbitre et conduit les débats. Il conserve son droit de vote, sauf pour le cas où le rôle de président a été confié à un représentant de l’autorité de gestion commune ou à une autre personnalité extérieure. Dans ce dernier cas, la présidence est exercée sans droit de vote.
4. Le comité de suivi conjoint se réunit autant de fois que nécessaire et au moins une fois par an. Il est convoqué par son président sur demande de l’autorité de gestion commune ou sur demande motivée de l’un de ses membres mandatés ou de la Commission. Il peut également statuer par procédure écrite sur saisine de son président, de l’autorité de gestion commune ou d’un des pays participants. En cas de désaccord, chaque membre peut demander un examen en réunion.
5. Un procès-verbal, cosigné par le président et le secrétaire, est établi à la fin de chaque réunion du comité de suivi conjoint. Il est adressé à chacun des membres du comité et à la Commission.