L'autorité de certification d'un programme opérationnel est responsable en particulier des tâches suivantes:
a) d'établir et de transmettre à la Commission les demandes de paiement en certifiant qu'elles procèdent de systèmes de comptabilité fiables, sont fondées sur des pièces justificatives susceptibles d'être vérifiées et ont été contrôlées par l'autorité de gestion;
b) d'établir les comptes visés à l’article 63, paragraphe 5, point a), et à l’article 63, paragraphe 6, du règlement financier;
c) de certifier l'intégralité, l'exactitude et la véracité des comptes et de certifier que les dépenses comptabilisées sont conformes au droit applicable et ont été engagées en rapport avec les opérations sélectionnées pour le financement conformément aux critères applicables au programme opérationnel et sont conformes au droit applicable;
d) de s'assurer qu'il existe un système d'enregistrement et de stockage sous forme informatisée des relevés des pièces comptables pour chaque opération, qui intègre toutes les données nécessaires à l'établissement des demandes de paiement et des comptes, comme la comptabilisation des montants à recouvrer et des montants retirés à la suite de l'annulation de tout ou partie de la contribution à une opération ou à un programme opérationnel;
e) d'assurer, aux fins de l'établissement et de la présentation des demandes de paiement, qu'elle a reçu des informations appropriées de la part de l'autorité de gestion sur les procédures suivies et les vérifications effectuées en rapport avec les dépenses;
f) de prendre en considération, aux fins de l'établissement et de la présentation des demandes de paiement, les résultats de l'ensemble des audits et contrôles effectués par l'autorité d'audit ou sous la responsabilité de celle-ci;
g) de tenir une comptabilité informatisée des dépenses déclarées à la Commission et de la contribution publique correspondante versée aux bénéficiaires;
h) de tenir une comptabilité des montants à recouvrer et des montants retirés à la suite de l'annulation de tout ou partie de la contribution à une opération. Les montants recouvrés sont reversés au budget de l'Union, avant la clôture du programme opérationnel, par imputation sur l'état des dépenses suivant.