1. La Commission évalue la cohérence des programmes au regard du présent règlement et des règles spécifiques des Fonds, de la contribution réelle des programmes à la réalisation des objectifs thématiques sélectionnés et aux priorités de l'Union spécifiques à chaque Fonds ESI ainsi que la cohérence avec l'accord de partenariat, en tenant compte des recommandations pertinentes spécifiques à chaque pays adoptées conformément à l'article 121, paragraphe 2, du traité sur le fonctionnement de l'Union européenne et des recommandations pertinentes du Conseil adoptées conformément à l'article 148, paragraphe 4, du traité sur le fonctionnement de l'Union européenne, ainsi que de l'évaluation ex ante. L'évaluation porte notamment sur la pertinence de la stratégie du programme, les objectifs, indicateurs et valeurs cibles correspondants ainsi que sur l'allocation des ressources budgétaires.
2. Par dérogation au paragraphe 1, la Commission ne doit pas évaluer la cohérence des programmes opérationnels spécifiques pour l'IEJ, visés à l'article 18,paragraphe 2, point a), du règlement FSE, ni des programmes opérationnels spécifiques visés à l'article 39, paragraphe 4, premier alinéa, point b) du présent règlement avec l'accord de partenariat si l'État membre n'a pas présenté son accord de partenariat à la date de présentation de ce programme opérationnel.
3. La Commission formule des observations dans les trois mois qui suivent la date de soumission du programme. L'État membre fournit à la Commission toutes les informations supplémentaires nécessaires et, le cas échéant, révise le programme proposé.
4. Conformément aux règles spécifiques des Fonds, la Commission adopte une décision portant approbation de chaque programme au plus tard six mois après sa soumission par l'État membre ou les États membres, à condition qu'il ait été donné suite de façon adéquate à toutes les observations de la Commission, mais pas avant le 1er janvier 2014 ou avant l'adoption d'une décision de la Commission portant approbation de l'accord de partenariat.
Par dérogation à ce qui précède, les programmes relevant de l'objectif "Coopération territoriale européenne" peuvent être approuvés par la Commission avant l'adoption de la décision portant approbation de l'accord de partenariat, et les programmes opérationnels spécifiques pour l'IEJ, visés à l'article 18, deuxième alinéa, point a), du règlement FSE, et les programmes spécifiques visés à l'article 39, paragraphe 4, premier alinéa, point b), du présent règlement peuvent être approuvés par la Commission avant la présentation de l'accord de partenariat.