La PCP est sous-tendue par les principes de bonne gouvernance suivants:
a) définition claire des responsabilités au niveau de l'Union, ainsi qu'aux niveaux régional, national et local;
b) prise en compte des spécificités régionales dans le cadre d'une approche régionalisée;
c) établissement de mesures conformément aux meilleurs avis scientifiques disponibles;
d) adoption d'une perspective à long terme;
e) efficacité des coûts sur le plan administratif;
f) participation appropriée des parties prenantes, en particulier les conseils consultatifs, à toutes les étapes, de la conception à la mise en œuvre des mesures;
g) responsabilité première de l'État du pavillon;
h) cohérence avec les autres politiques de l'Union;
i) utilisation d'analyses d'impact, le cas échéant;
j) cohérence entre la dimension intérieure et la dimension extérieure de la PCP;
k) transparence du traitement des données conformément aux dispositions juridiques existantes, eu égard au respect de la vie privée, à la protection des données à caractère personnel et aux dispositions en matière de confidentialité; accessibilité des données pour les organismes scientifiques compétents, les autres organismes intéressés par les données dans un but de recherche ou de gestion et d'autres utilisateurs finals déterminés.