1. Au plus tard le 30 septembre de chaque année, le directeur soumet au conseil d'administration un projet de budget annuel pour le CSUE couvrant les dépenses de fonctionnement, les dépenses opérationnelles et les recettes attendues, y compris les recettes affectées, pour l'exercice budgétaire suivant, ainsi que des estimations indicatives à long terme concernant les dépenses et les recettes compte tenu du projet de programme de travail à long terme.
2. Au plus tard le 30 novembre de chaque année, le conseil d'administration approuve le budget annuel du CSUE à l'unanimité des représentants des États membres.
3. En cas de circonstances inévitables, exceptionnelles ou imprévues, le directeur peut proposer au conseil d'administration un projet de budget rectificatif. Le conseil d'administration approuve, en tenant dûment compte de l'urgence de la situation, le budget rectificatif à l'unanimité des représentants des États membres.
4. Le contrôle de l'engagement et du paiement de toutes les dépenses, ainsi que l'enregistrement et le recouvrement de toutes les recettes, sont effectués par un contrôleur financier indépendant nommé par le conseil d'administration.
5. Au plus tard le 31 mars de chaque année, le directeur soumet au Conseil et au conseil d'administration les comptes détaillés de la totalité des recettes et des dépenses de l'exercice budgétaire précédent et le rapport sur les activités du CSUE.
6. Le conseil d'administration donne décharge au directeur pour l'exécution du budget du CSUE.