L'autorité de certification d'un programme opérationnel est responsable en particulier des tâches suivantes:
a) établir et transmettre à la Commission les demandes de paiement en certifiant qu'elles procèdent de systèmes de comptabilité fiables, sont fondées sur des pièces justificatives susceptibles d'être vérifiées et ont été contrôlées par l'autorité de gestion;
b) établir les comptes visés à l'article 59, paragraphe 5, premier alinéa, point a), du règlement financier;
c) certifier l'exhaustivité, l'exactitude et la véracité des comptes et certifier que les dépenses comptabilisées sont conformes au droit applicable et ont été exposées en rapport avec les opérations sélectionnées pour le financement conformément aux critères applicables au programme opérationnel et sont conformes au droit applicable;
d) s'assurer qu'il existe un système d'enregistrement et de conservation sous forme informatisée des pièces comptables pour chaque opération, qui intègre toutes les données nécessaires à l'établissement des demandes de paiement et des comptes, comme la comptabilisation des montants qui peuvent être recouvrés, des montants recouvrés et des montants retirés à la suite de l'annulation de tout ou partie de la contribution à une opération ou à un programme opérationnel;
e) s'assurer, aux fins de l'établissement et de la présentation des demandes de paiement, qu'elle a reçu des informations appropriées de la part de l'autorité de gestion sur les procédures suivies et les vérifications effectuées en rapport avec les dépenses;
f) prendre en considération, aux fins de l'établissement et de la présentation des demandes de paiement, des résultats de l'ensemble des audits effectués par l'autorité d'audit ou sous la responsabilité de celle-ci;
g) tenir une comptabilité informatisée des dépenses déclarées à la Commission et de la contribution publique correspondante versée aux bénéficiaires;
h) tenir une comptabilité des montants à recouvrer et des montants retirés à la suite de l'annulation de tout ou partie de la contribution à une opération. Les montants recouvrés sont reversés au budget de l'Union, avant la clôture du programme opérationnel, par imputation sur l'état des dépenses suivant.