1. Afin de mettre en œuvre le cadre pluriannuel, l'Agence assure une coopération et une coordination appropriées avec les institutions, organes et organismes concernés de l'Union, les États membres, les organisations internationales et la société civile, conformément aux articles 6, 7, 8 et 10 du règlement (CE) no 168/2007.
2. L'Agence traite les questions liées aux discriminations fondées sur le genre exclusivement dans le cadre des travaux qu'elle doit engager sur les questions générales de discrimination visées à l'article 2, point b), et ce, dans la mesure qui convient à cet égard, en tenant compte du fait que la collecte de données relatives à l'égalité entre les hommes et les femmes et aux discriminations fondées sur le genre incombe à l'Institut européen pour l'égalité entre les hommes et les femmes (EIGE). L'Agence coopère avec l'EIGE conformément à l'accord de coopération du 22 novembre 2010.
3. L'Agence coopère avec d'autres organes et organismes de l'Union tels que: la Fondation européenne pour l'amélioration des conditions de vie et de travail (Eurofound), conformément à l'accord de coopération du 8 octobre 2009; l'Agence européenne de garde-frontières et de garde-côtes (Frontex), conformément à l'accord de coopération du 26 mai 2010; le Bureau européen d'appui en matière d'asile (EASO), conformément à l'accord de travail du 11 juin 2013; Eurojust, conformément au protocole d'accord du 3 novembre 2014; et l'Agence européenne pour la gestion opérationnelle des systèmes d'information à grande échelle au sein de l'espace liberté, de sécurité et de justice (eu-LISA), conformément à l'accord de travail du 6 juillet 2016. Elle coopère en outre avec l'Office européen de police (Europol), l'Agence de l'Union européenne pour la formation des services répressifs (CEPOL) et le réseau européen des migrations, conformément aux futurs accords de coopération. La coopération avec ces organismes est limitée aux activités relevant des domaines thématiques énoncés à l'article 2.
4. L'Agence exécute ses tâches ayant trait à la société de l'information et, en particulier, au respect de la vie privée et à la protection des données à caractère personnel, en coopération avec le Contrôleur européen de la protection des données (CEPD), le comité européen de la protection des données, l'Agence de l'Union européenne chargée de la sécurité des réseaux et de l'information (ENISA) et le Centre commun de recherche (JRC) de la Commission européenne, et de manière à compléter leur travail.
5. L'Agence coordonne ses activités avec celles du Conseil de l'Europe conformément à l'article 9 du règlement (CE) no 168/2007 et à l'accord entre la Communauté européenne et le Conseil de l'Europe concernant la coopération entre l'Agence des droits fondamentaux de l'Union européenne et le Conseil de l'Europe, mentionné dans ledit article.