(46) En ce qui concerne les mesures de taxation au tonnage, la Commission a émis les doutes suivants:
a) Les orientations sur les aides d'État au transport maritime limitent l'application de la taxe au tonnage aux navires utilisés aux fins du transport maritime, défini comme «le transport de voyageurs et de marchandises par mer». Cependant, cette définition ne semblait pas se refléter dans la loi sur la navigation marchande. En outre, le régime maltais confère au ministre le pouvoir discrétionnaire de s'écarter des prescriptions générales prévues par la loi sur la navigation marchande. La Commission a considéré que les bénéfices générés par des navires n'effectuant aucune activité de transport maritime ne peuvent être soumis au régime de taxation au tonnage. Dans ce contexte, la Commission a estimé que les navires de pêche, les pontons, les chalands, les yachts, les navires de croisière et les plateformes pétrolières s'avéraient admissibles au régime maltais de taxation au tonnage, mais doutait que cela soit justifiable.
b) L'absence de dispositions claires sur les navires de service et d'appui, les remorqueurs et les dragueurs a suscité d'autres doutes de la part de la Commission quant à savoir si le respect des règles énoncées dans les orientations sur les aides d'État au transport maritime est assuré.
c) En ce qui concerne les plus-values tirées de la vente de navires, la Commission nourrit des doutes quant à savoir si les transactions exonérées étaient limitées aux navires achetés et vendus par des compagnies de navigation pendant qu'elles étaient soumises à la taxation au tonnage.
d) La Commission a estimé que l'absence de limites claires concernant l'éligibilité des activités connexes peut aboutir à l'octroi d'une aide incompatible, notamment dans le cas de la vente de certaines marchandises à bord de navires de croisière.
e) En ce qui concerne les navires participant clairement à des activités éligibles, la Commission a estimé que les avantages fiscaux ne devraient pas être étendus à tous les opérateurs du marché liés d'une certaine manière aux activités de ces navires. Les loueurs de navires n'effectuant eux-mêmes aucune activité de transport maritime ne devraient pas bénéficier de la taxe au tonnage. De plus, la Commission avait des doutes quant à l'admissibilité sans limite des affréteurs et sociétés similaires au bénéfice de la taxe au tonnage.
f) La Commission a exprimé des doutes quant à savoir si, dans tous les cas, le niveau de taxation était conforme à ce qu'elle avait admis par le passé pour d'autres États membres.
g) Elle a émis des doutes quant à l'adéquation des exigences du lien de pavillon ainsi que des mesures de séparation des comptabilités.
h) Elle a contesté le traitement fiscal des dividendes d'actions des compagnies de navigation.
i) Elle s'est également interrogée sur la compatibilité avec le marché intérieur de l'exonération de l'imposition sur les plus-values sur les actions des compagnies de navigation.
j) Elle a mis en doute la compatibilité avec le marché intérieur des exonérations de la loi sur les documents et transferts relatifs aux navires. Ces exonérations semblent bénéficier potentiellement aux opérateurs économiques, qui ne sont pas nécessairement de véritables compagnies de navigation (notamment les actionnaires).
k) Enfin, la Commission a considéré que l'exonération de l'imposition sur le revenu des bénéfices tirés des ventes de navires et du financement des compagnies de navigation n'était pas conforme aux orientations sur les aides d'État au transport maritime.