La mission de l'agence consiste à:
a) coordonner les contrôles et les inspections réalisés par les États membres eu égard aux obligations de l'Union en matière de contrôle et d'inspection;
b) coordonner le déploiement des moyens nationaux de contrôle et d'inspection mis en commun par les États membres concernés conformément au présent règlement;
c) aider les États membres à communiquer à la Commission et aux tierces parties des informations sur les activités de pêche ainsi que sur les activités de contrôle et d'inspection;
d) dans son domaine de compétence, aider les États membres à s'acquitter des tâches et obligations qui leur incombent en vertu des règles de la politique commune de la pêche;
e) aider les États membres et la Commission à harmoniser l’application des règles de la politique commune de la pêche, et contribuer ainsi à la réalisation de ses objectifs, y compris l’exploitation durable des ressources biologiques de la mer;
f) contribuer et participer aux travaux des États membres et de la Commission sur la recherche et le développement de techniques de contrôle et d’inspection et développer des projets pilotes sur la recherche et le développement de telles techniques;
g) contribuer à la coordination de la formation des inspecteurs et au partage d'expériences entre les États membres;
h) coordonner les opérations visant à lutter contre la pêche illégale, non déclarée et non réglementée (INN), conformément aux règles de l'Union;
i) contribuer à la mise en œuvre harmonisée du régime de contrôle de la politique commune de la pêche, y compris en particulier:
— l'organisation de la coordination opérationnelle des activités de contrôle par les États membres pour la mise en œuvre des programmes spécifiques de contrôle et d'inspection, des programmes de contrôle de la pêche INN et des programmes de contrôle et d'inspection internationaux,
— les inspections nécessaires à l'accomplissement de ses tâches, conformément à l'article 19;
j) coopérer avec l'Agence européenne de garde-frontières et de garde-côtes, instituée par le règlement (UE) 2016/1624 du Parlement européen et du Conseil, et avec l'Agence européenne pour la sécurité maritime, instituée par le règlement (CE) no 1406/2002 du Parlement européen et du Conseil, chacune dans le cadre de son mandat, afin de soutenir les autorités nationales exerçant des fonctions de garde-côtes, conformément à l'article 8 du présent règlement, en fournissant des services, des informations, des équipements et des formations, ainsi qu'en coordonnant des opérations polyvalentes;
k) le cas échéant, coopérer et coordonner les activités avec d’autres agences décentralisées de l’Union dans le cadre de leurs tâches, missions et domaines d’activité;
l) aider la Commission dans l’accomplissement des tâches qui lui sont assignées dans les actes législatifs de l’Union en ce qui concerne les objectifs de l’Agence.