1. L'Agence est gérée par son directeur exécutif. Sans préjudice des compétences respectives de la Commission et du conseil d'administration, le directeur exécutif ne sollicite ni n'accepte aucune instruction d'aucun gouvernement ni d'aucun autre organisme.
2. Le directeur exécutif assure, dans l'exercice de ses fonctions, la mise en œuvre des principes de la politique commune de la pêche.
3. Le directeur exécutif est investi des fonctions et attributions suivantes:
a) il élabore le projet de document de programmation unique et le soumet au conseil d’administration pour approbation, avant que ledit projet ne soit envoyé au Parlement européen, au Conseil et à la Commission au plus tard le 31 janvier de chaque année. Il prend les dispositions nécessaires pour que le document de programmation unique soit mis en œuvre dans les limites définies par le présent règlement, ses modalités d’application et toute réglementation applicable;
b) il prend toutes les dispositions nécessaires, notamment l'adoption d'instructions administratives internes et la publication d'avis, pour que l'organisation et le fonctionnement de l'Agence soient conformes au présent règlement;
c) il prend toutes les dispositions nécessaires, notamment l'adoption de décisions concernant les responsabilités de l'Agence visées aux chapitres II et III, y compris en ce qui concerne l'affrètement et l'exploitation de moyens de contrôle et d'inspection et l'exploitation d'un réseau d'information;
d) il donne suite aux demandes de la Commission et aux demandes d'aide des États membres en application des articles 6, 7, et 16;
e) il met en place un système de suivi efficace afin de pouvoir comparer les résultats de l'Agence à ses objectifs opérationnels. Sur cette base, le directeur exécutif élabore chaque année un projet de rapport général et le soumet au conseil d'administration. Il instaure des procédures d'évaluation régulière correspondant aux normes professionnelles reconnues;
f) il exerce à l'égard du personnel les attributions visées à l'article 28, paragraphe 2;
g) il établit des états prévisionnels des recettes et des dépenses de l'Agence en application de l'article 44 et exécute le budget conformément à l'article 45.
4. Le directeur exécutif répond de ses actes devant le conseil d'administration.