PARTIE A
Cadre d’échantillonnage et analyses
1. Origine des isolats bactériens soumis à un antibiogramme
Les États membres collectent des isolats bactériens aux fins de la surveillance de la RAM sur au moins chacune des combinaisons suivantes d’isolats/populations animales productrices d’aliments/denrées alimentaires:
a) isolats de Salmonella spp. provenant:
i. d’échantillons de chaque population de poules pondeuses, de poulets de chair et de dindes d’engraissement prélevés dans le cadre des programmes de contrôle nationaux prévus par l’article 5, du règlement (CE) no 2160/2003;
ii. d’échantillons cæcaux prélevés à l’abattage sur des porcs d’engraissement, à l’exception des États membres qui mettent en œuvre un programme de contrôle national des salmonelles approuvé au niveau de l’Union européenne;
iii. d’échantillons cæcaux prélevés à l’abattage sur des bovins de moins d’un an lorsque la production nationale de viandes de ces bovins est supérieure à 10 000 tonnes par an;
iv. d’échantillons de viandes fraîches de poulet de chair et de dinde prélevés aux postes de contrôle frontaliers;
b) isolats de C. coli et de C. jejuni provenant:
i. d’échantillons cæcaux prélevés à l’abattage sur des poulets de chair;
ii. d’échantillons cæcaux prélevés à l’abattage sur des dindes d’engraissement lorsque la production nationale de viandes de dinde est supérieure à 10 000 tonnes par an;
iii. d’échantillons cæcaux prélevés à l’abattage sur des bovins de moins d’un an lorsque la production nationale de viandes de ces bovins est supérieure à 10 000 tonnes par an;
iv. d’échantillons cæcaux prélevés à l’abattage sur des porcs d’engraissement;
c) isolats de bactéries commensales indicatrices E. coli provenant:
i. d’échantillons cæcaux prélevés à l’abattage sur des poulets de chair;
ii. d’échantillons cæcaux prélevés à l’abattage sur des dindes d’engraissement lorsque la production nationale de viandes de dinde est supérieure à 10 000 tonnes par an;
iii. d’échantillons cæcaux prélevés à l’abattage sur des porcs d’engraissement;
iv. d’échantillons cæcaux prélevés à l’abattage sur des bovins de moins d’un an lorsque la production nationale de viandes de ces bovins est supérieure à 10 000 tonnes par an;
v. d’échantillons de viandes fraîches de poulet de chair, de dinde, de porc et de bovin prélevés aux postes de contrôle frontaliers;
d) isolats de bactéries E. coli productrices de BLSE, d’AmpC ou de CP provenant:
i. d’échantillons cæcaux prélevés à l’abattage sur des poulets de chair;
ii. d’échantillons cæcaux prélevés à l’abattage sur des dindes d’engraissement lorsque la production nationale de viandes de dinde est supérieure à 10 000 tonnes par an;
iii. d’échantillons cæcaux prélevés à l’abattage sur des porcs d’engraissement;
iv. d’échantillons cæcaux prélevés à l’abattage sur des bovins de moins d’un an lorsque la production nationale de viandes de ces bovins est supérieure à 10 000 tonnes par an;
v. d’échantillons de viandes fraîches de poulet de chair, de dinde, de porc et de bovin prélevés sur le marché du détail;
vi. d’échantillons de viandes fraîches de poulet de chair, de dinde, de porc et de bovin prélevés aux postes de contrôle frontaliers;
e) Lorsqu’un État membre décide de surveiller les bactéries commensales indicatrices E. faecalis et E. faecium conformément à l’article 1er, paragraphe 3, il collecte des isolats de ces bactéries provenant:
i. d’échantillons cæcaux prélevés à l’abattage sur des poulets de chair;
ii. d’échantillons cæcaux prélevés à l’abattage sur des dindes d’engraissement lorsque la production nationale de viandes de dinde est supérieure à 10 000 tonnes par an;
iii. d’échantillons cæcaux prélevés à l’abattage sur des porcs d’engraissement;
iv. d’échantillons cæcaux prélevés à l’abattage sur des bovins de moins d’un an lorsque la production nationale de viandes de ces bovins est supérieure à 10 000 tonnes par an;
f) isolats de SARM obtenus à partir d’échantillons nasaux prélevés à l’abattage sur des porcs d’engraissement.
2. Fréquence d’échantillonnage
Les États membres procèdent à la surveillance de la RAM dans chaque combinaison d’isolats bactériens/populations animales productrices d’aliments/denrées alimentaires énumérée au point 1, dans le respect du système de rotation suivant:
a) au cours des années 2021, 2023, 2025 et 2027: chez les porcs d’engraissement, les bovins de moins d’un an, dans la viande porcine et la viande bovine, à l’exception de la surveillance du SARM chez les porcs d’engraissement, qui n’est pas effectuée en 2023 et 2027.
b) au cours des années 2022, 2024 et 2026: chez les poules pondeuses, les poulets de chair, les dindes d’engraissement et dans les viandes fraîches provenant de poulets de chair et de dindes.
3. Plan d’échantillonnage et taille de l’échantillon
3. 1. Pour les abattoirs
a) Plan d’échantillonnage
Lorsqu’ils élaborent leur plan d’échantillonnage applicable aux abattoirs pour les échantillons cæcaux, les États membres tiennent compte des spécifications techniques de l’EFSA relatives à l’échantillonnage aléatoire aux fins de la surveillance harmonisée de la résistance antimicrobienne chez les bactéries zoonotiques et commensales.
Lorsqu’ils élaborent leur plan d’échantillonnage applicable aux abattoirs pour les échantillons nasaux prélevés chez les porcs d’engraissement, les États membres tiennent compte des spécifications techniques de l’EFSA pour la réalisation d’une étude de référence sur la prévalence de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM) chez les porcs.
Les États membres veillent à ce que les échantillons fassent l’objet d’un échantillonnage stratifié proportionnel dans les abattoirs qui traitent au moins 60 % de la population animale domestique spécifique de l’État membre, avec une distribution égale des échantillons prélevés sur la période de surveillance et, dans la mesure du possible, une randomisation des jours d’échantillonnage de chaque mois. Les échantillons sont prélevés sur des animaux sains au sein d’unités épidémiologiques sélectionnées de manière aléatoire. L’unité épidémiologique pour les poulets de chair et les dindes d’engraissement est le cheptel. Pour les porcs d’engraissement et les bovins de moins d’un an, l’unité épidémiologique est le lot d’abattage.
Un seul échantillon cæcal d’une même unité épidémiologique est prélevé au cours d’une année. Chaque échantillon cæcal est issu d’un prélèvement sur une carcasse unique sélectionnée de manière aléatoire dans l’unité épidémiologique. Toutefois, pour les poulets de chair, chaque échantillon cæcal est dérivé d’un prélèvement sur dix carcasses sélectionnées de manière aléatoire dans l’unité épidémiologique.
Vingt échantillons nasaux provenant de vingt porcs différents sélectionnés de manière aléatoire dans la même unité épidémiologique sont prélevés chaque année. Ces échantillons sont regroupés en quatre groupes composites de cinq échantillons. Si l’unité épidémiologique comprend moins de vingt porcs, tous les porcs de cette unité épidémiologique font l’objet d’un prélèvement et les échantillons qui en résultent sont regroupés aussi uniformément que possible pour former quatre groupes composites d’échantillons. Les échantillons sont prélevés après l’étourdissement des porcs mais avant l’échaudage des carcasses.
Le nombre d’échantillons prélevés par abattoir est proportionnel à la capacité annuelle de chaque abattoir couvert par le plan d’échantillonnage.
b) Taille de l’échantillon:
Afin de déterminer la sensibilité antimicrobienne du nombre minimal requis des isolats bactériens visés au point 4.1, les États membres prélèvent chaque année un nombre suffisant des échantillons des types visés aux points 1 a) ii) et iii), au point 1 b) et aux points 1 c) i) à iv), en tenant compte de la prévalence estimée des espèces bactériennes surveillées dans la population animale considérée.
Par dérogation au premier alinéa du présent point, lorsqu’il est attesté que la prévalence des espèces bactériennes surveillées est inférieure ou égale à 30 % dans la population animale considérée, lorsque cette prévalence n’est pas connue au cours de la première année de surveillance ou lorsque le nombre d’unités épidémiologiques disponibles pour l’échantillonnage est insuffisant pour empêcher l’échantillonnage répété des mêmes unités, les États membres peuvent décider de limiter à 300 le nombre annuel d’échantillons à prélever. Ce nombre annuel peut encore être réduit à 150 pour chaque combinaison spécifique d’isolats bactériens/populations animales lorsque la production nationale annuelle de l’État membre est inférieure à 100 000 tonnes de viande de poulet de chair, à 100 000 tonnes de viande de dinde, à 100 000 tonnes de viande porcine ou à 50 000 tonnes de viande bovine. Les États membres qui font usage de la dérogation et limitent le nombre annuel d’échantillons fondent leur décision sur des preuves documentées, telles que les résultats d’enquêtes, et transmettent ces éléments à la Commission avant de procéder pour la première fois à un échantillonnage réduit.
Les États membres prélèvent chaque année au moins 300 échantillons sur chaque population animale visée aux points 1 d) i) à iv). Par dérogation à cette exigence, si un État membre a une production nationale annuelle inférieure à 100 000 tonnes de viandes de poulet de chair, à 100 000 tonnes de viandes de dinde, à 100 000 tonnes de viandes de porc ou à 50 000 tonnes de viandes de bovins, cet État peut décider de prélever un minimum de 150 échantillons au lieu de 300 échantillons sur chaque population animale spécifique considérée.
Les États membres prélèvent chaque année dans la population animale visée au point 1 f) des échantillons de suffisamment d’unités épidémiologiques pour obtenir une estimation précise de la prévalence du SARM dans leur population nationale de porcs d’engraissement. À cette fin, ils utilisent les formules de calcul du nombre des lots d’abattage à échantillonner conformément aux spécifications techniques de l’EFSA pour la réalisation d’une étude de référence sur la prévalence de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM) chez les porcs.
3. 2. Pour le marché du détail
a) Plan d’échantillonnage
Lorsqu’ils élaborent leur plan d’échantillonnage applicable au marché du détail, les États membres tiennent compte des spécifications techniques de l’EFSA relatives à l’échantillonnage aléatoire aux fins de la surveillance harmonisée de la résistance antimicrobienne chez les bactéries zoonotiques et commensales.
Les États membres veillent à ce qu’un échantillonnage stratifié proportionnel des échantillons de viande fraîche prélevés sur le marché du détail soit effectué, sans présélection des échantillons sur la base de l’origine de la denrée alimentaire, avec une répartition proportionnelle du nombre d’échantillons en fonction de la population de la région géographique. Ils assurent également une distribution égale des prélèvements d’échantillons de viande fraîche au cours de l’année de surveillance et, dans la mesure du possible, une randomisation des jours d’échantillonnage de chaque mois. Les lots à échantillonner un jour donné sont sélectionnés de manière aléatoire.
b) Taille de l’échantillon
Les États membres prélèvent 300 échantillons de chaque catégorie de viandes fraîches visée au point 1 d) v). Par dérogation, si un État membre a une production annuelle inférieure à 100 000 tonnes de viandes de poulet de chair, à 100 000 tonnes de viandes de dinde, à 100 000 tonnes de viandes de porc ou à 50 000 tonnes de viandes de bovin, cet État peut décider de prélever 150 échantillons au lieu de 300 échantillons sur chaque catégorie de viandes fraîches considérée.
3. 3. Aux postes de contrôle frontaliers
a) Plan d’échantillonnage
Lorsqu’ils élaborent leur plan d’échantillonnage applicable aux postes de contrôle frontalier, les États membres tiennent compte des spécifications techniques de l’EFSA relatives à l’échantillonnage aléatoire aux fins de la surveillance harmonisée de la résistance antimicrobienne chez les bactéries zoonotiques et commensales.
Les États membres veillent à ce que soit effectué un échantillonnage stratifié proportionnel des envois et des prélèvements de viande par poste de contrôle frontalier et par pays d’origine, avec une distribution égale, au cours de l’année de surveillance, des envois de viandes fraîches importées échantillonnés au niveau des postes de contrôle frontaliers. Tous les postes de contrôle frontaliers désignés pour le transit des viandes fraîches sont inclus dans le plan d’échantillonnage. Les envois à échantillonner un jour donné sont sélectionnés de manière aléatoire et les échantillons sont prélevés sur un envoi de manière aléatoire. Si un envoi est composé de plusieurs lots, les échantillons sont prélevés sur différents lots. Les échantillons ne sont pas regroupés.
b) Taille de l’échantillon
Les États membres déterminent le nombre approprié d’échantillons à prélever chaque année dans chaque catégorie de viandes fraîches visée aux points 1 a) iv), 1 c) v) et 1 d) vi) sur la base des fréquences indicatives d’échantillonnage indiquées dans le tableau 1.
Tableau 1
Viandes fraîches soumises à des tests de résistance aux antimicrobiens à l’importation: fréquences d’échantillonnage indicatives
| Type de viandes fraîches | Fréquence d’échantillonnage annuelle recommandée des envois arrivés aux postes de contrôle frontaliers
| Viandes de poulet de chair | 3 %
| Viandes de dinde | 15 %
| Viandes de porc | 10 %
| Viandes de bovins | 2 %
4. Antibiogrammes
4. 1. Nombre d’isolats à tester
Les États membres soumettent chaque année le nombre d’isolats suivant à des antibiogrammes et veillent à ce qu’un seul isolat par espèce bactérienne/sérovar de Salmonella d’une même unité épidémiologique soit testé chaque année:
Pour Salmonella spp:
— jusqu’à 170 isolats obtenus sur des échantillons visés au point 1 a) i). Lorsque la production annuelle nationale de viandes de poulet de chair est inférieure à 100 000 tonnes, les États membres peuvent décider de ramener la limite supérieure à 85 isolats au lieu de 170. Les isolats sont obtenus sur des animaux sains. Lorsque le nombre d’isolats disponibles annuellement par population animale dans un État membre dépasse la limite supérieure, une sélection aléatoire de ces isolats est effectuée de manière à garantir une représentativité géographique et, si possible, une répartition homogène des dates d’échantillonnage sur l’année. Lorsque le nombre d’isolats disponibles annuellement est inférieur à la limite supérieure, l’ensemble de ces isolats sont analysés;
— au moins 170 isolats provenant des échantillons visés au point 1 a) ii) ou, pour les États membres faisant usage de la dérogation visée au point 3 1) b), deuxième alinéa, l’ensemble des isolats provenant de ces échantillons. Par dérogation, lorsque les États membres ont une production nationale annuelle inférieure à 100 000 tonnes de viandes de porc, ils peuvent décider de soumettre à analyse un nombre de 85 isolats minimum au lieu de 170 isolats;
— au moins 170 isolats provenant des échantillons visés au point 1 a) iii) ou, pour les États membres faisant usage de la dérogation visée au point 3 1) b), deuxième alinéa, l’ensemble des isolats provenant de ces échantillons;
— l’ensemble des isolats provenant des échantillons visés au point 1 a) iv).
Pour C. coli et C. jejuni:
— au moins 170 isolats des espèces de Campylobacter (entre C. coli et C. jejuni) présentant la plus forte prévalence au niveau national, obtenus sur des échantillons visés au point 1 b) i) à iii) ou, pour les États membres faisant usage de la dérogation visée au point 3 1) b), deuxième alinéa, l’ensemble des isolats provenant de ces échantillons. Par dérogation, lorsque les États membres ont une production nationale annuelle inférieure à 100 000 tonnes de viandes de poulets de chair, ils peuvent décider de soumettre à analyse un nombre de 85 isolats minimum au lieu de 170 isolats;
— jusqu’à 170 isolats des espèces de Campylobacter les moins répandues au niveau national (entre C. coli et C. jejuni) recensées lors de la collecte des isolats des espèces de Campylobacter les plus répandues, obtenus sur des échantillons visés au point 1 b) i) à iii);
— au moins 170 isolats de C. coli provenant des échantillons visés au point 1 b) iv) ou, pour les États membres faisant usage de la dérogation visée au point 3 1) b), deuxième alinéa, l’ensemble des isolats provenant de ces échantillons. Par dérogation, lorsque les États membres ont une production nationale annuelle inférieure à 100 000 tonnes de viande porcine, ils peuvent décider de soumettre à analyse un nombre de 85 isolats minimum au lieu de 170 isolats.
Pour les bactéries E. coli commensales indicatrices:
— au moins 170 isolats obtenus sur des échantillons visés aux points 1 c) i) à iv). Par dérogation, si un État membre a une production nationale annuelle inférieure à 100 000 tonnes de viandes de poulet de chair, à 100 000 tonnes de viandes de dinde ou à 100 000 tonnes de viandes porcine, cet État peut décider de soumettre à analyse un nombre de 85 isolats minimum au lieu de 170 isolats sur chaque population animale spécifique considérée.
— l’ensemble des isolats provenant des échantillons visés au point 1 c) v).
Pour les bactéries E. coli productrices de BLSE, d’AmpC et de CP:
— l’ensemble des isolats provenant des échantillons visés au point 1 d).
Pour le SARM:
— jusqu’à 208 isolats obtenus à partir d’échantillons visés au point 1 f) et confirmés conformément au point 5 bis.
4. 2. Méthodes d’analyse aux fins de la détection et des antibiogrammes
Les États membres se fondent sur les seuils épidémiologiques et les plages de concentration définis dans les tableaux 2, 3, 4 et 4 bis ci-après afin de déterminer la sensibilité aux antibactériens des bactéries Salmonella spp., C. coli, C. jejuni, ainsi que des bactéries commensales indicatrices E. coli, E. faecalis, E. faecium et SARM.
Tout isolat de bactérie E. coli et Salmonella testé conformément au tableau 2 et présentant une résistance au céfotaxime, à la ceftazidime ou au méropénème est ensuite soumis à analyse avec un second panel de substances antimicrobiennes conformément au tableau 5.
Pour la surveillance spécifique des bactéries E. coli productrices de BLSE, d’AmpC ou de CP, les États membres utilisent les méthodes visées au point 5.
Pour la surveillance spécifique du SARM, les États membres utilisent les méthodes visées au point 5 bis.
Les antibiogrammes sont effectués par les laboratoires visés à l’article 3, paragraphe 2. L’analyse est effectuée par microdilution en bouillon conformément à la méthode de référence ISO 20776-1:2019.
Tableau 2
Panel de substances antimicrobiennes à inclure dans la surveillance de la RAM, seuils de résistance selon le comité européen des antibiogrammes (EUCAST) et plages de concentration à analyser chez Salmonella spp. et chez les bactéries commensales indicatrices E. coli (premier panel)
ND: non disponible.
| Agent antimicrobien | Classe d’antimicrobien | Espèce | Seuils d’interprétation de la RAM (mg/l) |
Plage de concentrations (mg/l)
(nombre de cupules entre parenthèses)
| Seuil épidémiologique (ECOFF) | Concentration clinique critique
| Amikacine | Aminoglycoside | Salmonella | > 4 | > 16 | 4-128 (6)
| E. coli | > 8 | > 16
| Ampicilline | Pénicilline | Salmonella | > 8 | > 8 | 1-32 (6)
| E. coli | > 8 | > 8
| Azithromycine | Macrolide | Salmonella | ND | ND | 2-64 (6)
| E. coli | ND | ND
| Céfotaxime | Céphalosporine | Salmonella | > 0,5 | > 2 | 0,25-4 (5)
| E. coli | > 0,25 | > 2
| Ceftazidime | Céphalosporine | Salmonella | > 2 | > 4 | 0,25-8 (6)
| E. coli | > 0,5 | > 4
| Chloramphénicol | Phénicol | Salmonella | > 16 | > 8 | 8-64 (4)
| E. coli | > 16 | > 8
| Ciprofloxacine | Fluoroquinolone | Salmonella | > 0,06 | > 0,06 | 0,015-8 (10)
| E. coli | > 0,06 | > 0,5
| Colistine | Polymyxine | Salmonella | ND | > 2 | 1-16 (5)
| E. coli | > 2 | > 2
| Gentamicine | Aminoglycoside | Salmonella | > 2 | > 4 | 0,5-16 (6)
| E. coli | > 2 | > 4
| Méropénème | Carbapénème | Salmonella | > 0,125 | > 8 | 0,03-16 (10)
| E. coli | > 0,125 | > 8
| Acide nalidixique | Quinolone | Salmonella | > 8 | ND | 4-64 (5)
| E. coli | > 8 | ND
| Sulfaméthoxazole | Antagoniste du métabolisme des folates | Salmonella | ND | ND | 8-512 (7)
| E. coli | > 64 | ND
| Tétracycline | Tétracycline | Salmonella | > 8 | ND | 2-32 (5)
| E. coli | > 8 | ND
| Tigécycline | Glycylcycline | Salmonella | ND | ND | 0,25-8 (6)
| E. coli | > 0,5 | > 0,5
| Triméthoprime | Antagoniste du métabolisme des folates | Salmonella | > 2 | > 4 | 0,25-16 (7)
| E. coli | > 2 | > 4
Tableau 3
Panel de substances antimicrobiennes à inclure dans la surveillance de la RAM, seuils d’interprétation de la résistance selon l’EUCAST et plages de concentration à analyser chez C. jejuni et C. coli
ND: non disponible
| Agent antimicrobien | Classe d’antimicrobien | Espèce | Seuils d’interprétation de la RAM (mg/l) |
Plage de concentrations (mg/l)
(nombre de cupules entre parenthèses)
| Seuil épidémiologique (ECOFF) | Concentration clinique critique
| Chloramphénicol | Phénicol | C. jejuni | > 16 | ND | 2-64 (6)
| C. coli | > 16 | ND
| Ciprofloxacine | Fluoroquinolone | C. jejuni | > 0,5 | > 0,5 | 0,12-32 (9)
| C. coli | > 0,5 | > 0,5
| Ertapénème | Carbapénème | C. jejuni | ND | ND | 0,125-4 (6)
| C. coli | ND | ND
| Érythromycine | Macrolide | C. jejuni | > 4 | > 4 | 1-512 (10)
| C. coli | > 8 | > 8
| Gentamicine | Aminoglycoside | C. jejuni | > 2 | ND | 0,25-16 (7)
| C. coli | > 2 | ND
| Tétracycline | Tétracycline | C. jejuni | > 1 | > 2 | 0,5-64 (8)
| C. coli | > 2 | > 2
Tableau 4
Panel de substances antimicrobiennes à inclure dans la surveillance de la RAM, seuils de résistance selon l’EUCAST et plages de concentration à analyser chez E. faecalis et E. faecium
ND: non disponible
| Agent antimicrobien | Classe d’antimicrobien | Espèce | Seuils d’interprétation de la RAM (mg/l) |
Plage de concentrations (mg/l)
(nombre de cupules entre parenthèses)
| Seuil épidémiologique (ECOFF) | Concentration clinique critique
| Ampicilline | Pénicilline | E. faecalis | > 4 | > 8 | 0,5-64 (8)
| E. faecium | > 4 | > 8
| Chloramphénicol | Phénicol | E. faecalis | > 32 | ND | 4-128 (6)
| E. faecium | > 32 | ND
| Ciprofloxacine | Fluoroquinolone | E. faecalis | > 4 | > 4 | 0,12-16 (8)
| E. faecium | > 4 | > 4
| Daptomycine | Lipopeptide | E. faecalis | > 4 | ND | 0,25-32 (8)
| E. faecium | > 8 | ND
| Érythromycine | Macrolide | E. faecalis | > 4 | ND | 1-128 (8)
| E. faecium | > 4 | ND
| Gentamicine | Aminoglycoside | E. faecalis | > 64 | ND | 8-1024 (8)
| E. faecium | > 32 | ND
| Linézolide | Oxazolidinone | E. faecalis | > 4 | > 4 | 0,5-64 (8)
| E. faecium | > 4 | > 4
| Quinupristine/Dalfopristine | Streptogramine | E. faecalis | ND | ND | 0,5-64 (8)
| E. faecium | ND | > 4
| Téicoplanine | Glycopeptide | E. faecalis | > 2 | > 2 | 0,5-64 (8)
| E. faecium | > 2 | > 2
| Tétracycline | Tétracycline | E. faecalis | > 4 | ND | 1-128 (8)
| E. faecium | > 4 | ND
| Tigécycline | Glycylcycline | E. faecalis | > 0,25 | > 0,25 | 0,03-4 (8)
| E. faecium | > 0,25 | > 0,25
| Vancomycine | Glycopeptide | E. faecalis | > 4 | > 4 | 1-128 (8)
| E. faecium | > 4 | > 4
Tableau 4 bis
Panel de substances antimicrobiennes à inclure dans la surveillance de la RAM, seuils de résistance selon l’EUCAST et plages de concentration à analyser chez Staphylococcus aureus
ND: non disponible, *: non indiqué en tant que concentration clinique critique par l’EUCAST
| Agent antimicrobien | Classe d’antimicrobien | Seuils d’interprétation de la RAM (mg/l) |
Plage de concentrations (mg/l)
(nombre de cupules entre parenthèses)
| ECOFF 2022 | Concentration critique clinique 2022
| Céfoxitine | Céphamycine | >4 | >4* | 0,5-16 (6)
| Chloramphénicol | Phénicol | >16 | >8 | 4-64 (5)
| Ciprofloxacine | Fluoroquinolone | >2 | >1 | 0,25-8 (6)
| Clindamycine | Lincosamide | >0,25 | >0,25 | 0,125-4 (6)
| Érythromycine | Macrolide | >1 | >1 | 0,25-8 (6)
| Gentamicine | Aminoglycoside | >2 | >2 | 0,5-16 (6)
| Linézolide | Oxazolidinone | >4 | >4 | 1-8 (4)
| Mupirocine | Acide carboxylique | >1 | ND | 0,5-2 + 256 (4)
| Quinupristine/Dalfopristine | Streptogramine | >1 | >2 | 0,5-4 (4)
| Sulfaméthoxazole | Antagoniste du métabolisme des folates | >128 | ND | 64-512 (4)
| Tétracycline | Tétracycline | >1 | >2 | 0,5-16 (6)
| Tiamuline | Pleuromutiline | >2 | ND | 0,5-4 (4)
| Triméthoprime | Antagoniste du métabolisme des folates | >2 | >4 | 1-16 (5)
| Vancomycine | Glycopeptide | >2 | >2 | 1-8 (4)
5. Surveillance spécifique des E. coli productrices de BLSE, d’AmpC ou de CP
5. 1. Méthodes de détection des E. coli productrices de BLSE, d’AmpC ou de CP présumées
Aux fins de l’estimation de la proportion d’échantillons présumés contenir des E. coli productrices de BLSE, d’AmpC ou de CP parmi les échantillons de contenu cæcal et de viandes fraîches prélevés conformément au point 1 d), les laboratoires visés à l’article 3, paragraphe 2, appliquent les méthodes de détection détaillées dans les protocoles du laboratoire de référence de l’Union européenne pour la résistance aux antimicrobiens (LRUE-RAM).
Tous les isolats d’E. coli productrices de BLSE, d’AmpC ou de CP présumées identifiés par les méthodes visées ci-dessus sont analysés au moyen du premier et du deuxième panels de substances antimicrobiennes conformément aux tableaux 2 et 5 respectivement.
Tableau 5
Panel de substances antimicrobiennes, seuils épidémiologiques (ECOFF) et concentrations critiques de résistance clinique selon l’EUCAST et plages de concentration à utiliser uniquement pour l’analyse des isolats de bactéries Salmonella spp. et E. coli commensales indicatrices résistantes au céfotaxime, à la ceftazidime ou au méropénème (deuxième panel)
ND: non disponible
| Agent antimicrobien | Classe d’antimicrobien | Espèce | Seuils d’interprétation de la RAM (mg/l) |
Plage de concentrations (mg/l)
(nombre de cupules entre parenthèses)
| Seuil épidémiologique (ECOFF) | Concentration clinique critique
| Céfépime | Céphalosporine | Salmonella | ND | > 4 | 0,06-32 (10)
| E. coli | > 0,125 | > 4
| Céfotaxime | Céphalosporine | Salmonella | > 0,5 | > 2 | 0,25-64 (9)
| E. coli | > 0,25 | > 2
| Céfotaxime + acide clavulanique | Association céphalosporine/inhibiteur de la β-lactamase | Salmonella | ND | ND | 0,06-64 (11)
| E. coli | > 0,25 | ND
| Céfoxitine | Céphamycine | Salmonella | > 8 | ND | 0,5-64 (8)
| E. coli | > 8 | ND
| Ceftazidime | Céphalosporine | Salmonella | > 2 | > 4 | 0,25-128 (10)
| E. coli | > 0,5 | > 4
| Ceftazidime + acide clavulanique | Association céphalosporine/inhibiteur de la β-lactamase | Salmonella | ND | ND | 0,125-128 (11)
| E. coli | > 0,5 | ND
| Ertapénème | Carbapénème | Salmonella | ND | > 0,5 | 0,015-2 (8)
| E. coli | ND | > 0,5
| Imipénème | Carbapénème | Salmonella | > 1 | > 4 | 0,12-16 (8)
| E. coli | > 0,5 | > 4
| Méropénème | Carbapénème | Salmonella | > 0,125 | > 8 | 0,03-16 (10)
| E. coli | > 0,125 | > 8
| Témocilline | Pénicilline | Salmonella | > ND | ND | 0,5-128 (9)
| E. coli | > 16 | ND
5. 2. Méthode quantitative applicable à l’évaluation de la proportion d’E. coli productrices de BLSE ou d’AmpC
Les États membres peuvent décider d’évaluer la proportion d’E. coli productrices de BLSE ou d’AmpC sur l’ensemble des isolats d’E. coli présents dans un échantillon. Dans ce cas, ils dénombrent les E. coli productrices de BLSE ou d’AmpC et le total des E. coli au moyen de méthodes de dilution suivies d’un ensemencement de milieux sélectifs et non sélectifs, conformément aux protocoles du LRUE-RAM.
5 bis. Surveillance spécifique du SARM
Afin de détecter le SARM dans les échantillons nasaux prélevés conformément au point 1 f), les laboratoires visés à l’article 3, paragraphe 2, utilisent une méthode d’isolement et une méthode de confirmation s’appuyant sur la PCR, comme indiqué dans les spécifications techniques de l’EFSA pour la réalisation d’une étude de référence sur la prévalence de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM) chez les porcs et détaillé dans les protocoles du LRUE-RAM.
Pour confirmer les isolats de SARM présumés, les laboratoires peuvent décider de remplacer la méthode de confirmation s’appuyant sur la PCR par une méthode WGS (séquençage du génome entier) appliquée conformément aux protocoles du LRUE-RAM.
Tous les isolats de SARM confirmés, avec un maximum de 208 isolats, identifiés au moyen des méthodes s’appuyant sur la PCR ou sur le WGS sont testés avec le panel de substances antimicrobiennes conformément au tableau 4 bis. Un seul isolat par unité épidémiologique est testé. Les isolats du SARM qui ont été confirmés par la méthode s’appuyant sur la PCR et qui n’appartiennent pas au complexe clonal 398 sont testés selon la méthode WGS appliquée conformément aux protocoles du LRUE-RAM. Vingt pour cent des isolats de SARM confirmés par la méthode s’appuyant sur la PCR et appartenant au complexe clonal 398 sont testés selon la méthode WGS, avec un maximum de vingt isolats testés.
6. Méthode de substitution
Les États membres peuvent décider d’autoriser le recours au séquençage du génome entier (SGE) comme méthode de substitution à la microdilution en bouillon employant les panels de substances antimicrobiennes des tableaux 2 et 5 lors des activités de surveillance spécifique des E. coli productrices de BLSE, d’AmpC ou de CP visées au point 5. Ils peuvent également autoriser le SGE en tant que méthode de substitution à la microdilution en bouillon employant le panel de substances antimicrobiennes du tableau 5 en cas d’analyses supplémentaires effectuées conformément au point 4.2 sur des isolats d’E. coli et de Salmonella présentant une résistance au céfotaxime, à la ceftazidime ou au meropénème.
Les laboratoires qui effectuent le SGE à titre de méthode de substitution appliquent les protocoles du LRUE-RAM.
7. Contrôle de qualité, conservation des isolats et tests de confirmation
Les États membres veillent à ce que les laboratoires visés à l’article 3, paragraphe 2, participent à un système d’assurance de la qualité comprenant des tests d’aptitude mis en place au niveau national ou au niveau de l’Union, afin de cibler l’identification des espèces, le sous-typage et les antibiogrammes des bactéries collectées aux fins de la surveillance harmonisée de la RAM.
Les isolats résistants sont conservés par les laboratoires à une température de – 80 °C pendant cinq ans au minimum. D’autres températures de conservation peuvent être choisies pour autant qu’elles garantissent la viabilité et l’absence d’altération des propriétés des souches.
Lorsque l’EFSA et le LRUE-RAM le jugent scientifiquement pertinent, les laboratoires visés à l’article 3, paragraphe 2, envoient au LRUE-RAM tout isolat analysé conformément aux points 4, 5 et 6 en vue d’un test de confirmation.
PARTIE B
Rapports
1. Dispositions générales concernant la présentation des rapports sur les données
Les États membres rédigent des rapports dans lesquels ils font figurer les informations visées au point 2 concernant chaque isolat, en recensant séparément chaque combinaison espèce bactérienne/population animale ou espèce bactérienne/denrée alimentaire visée à la partie A, point 1. Les États membres soumettent les résultats de la surveillance harmonisée de la RAM prévue par la présente décision sous la forme de données tirées des isolats, en s’appuyant sur le dictionnaire de données ainsi que les formulaires électroniques de collecte fournis par l’EFSA. Les États membres décrivent les plans d’échantillonnage et les procédures de stratification et de randomisation par population animale et par catégorie de denrées alimentaires.
Lorsque la surveillance de la RAM est effectuée au moyen d’antibiogrammes, les États membres communiquent les informations visées au point 2.1.
Lorsque la surveillance de la RAM est effectuée au moyen du SGE, les États membres communiquent les informations visées au point 2.2.
Lorsque les États membres décident de communiquer à l’EFSA des données collectées sur une base volontaire, ces données sont déclarées séparément des données dont la collecte est obligatoire.
2. Ensemble de données présenté dans les rapports
2. 1. Communication des résultats des antibiogrammes
Les informations suivantes sont fournies pour chaque isolat:
— Identifiant unique ou code de l’isolat
— Espèce bactérienne
— Sérovar (pour Salmonella spp.)
— Population d’animaux producteurs d’aliments ou catégorie de denrées alimentaires
— Point du prélèvement
— Type d’échantillon
— Code Traces (Trade Control and Expert System) du poste de contrôle frontalier (uniquement pour les analyses des viandes importées)
— Référence du document sanitaire commun d’entrée (DSCE) de l’envoi (uniquement pour les analyses des viandes importées)
— Pays d’origine de l’envoi (uniquement pour les analyses des viandes importées)
— Échantillonneur
— Stratégie d’échantillonnage
— Date d’échantillonnage
— Date de début de l’analyse (isolement)
— Identifiant ou code de l’isolat donné par le laboratoire ayant exécuté l’antibiogramme de l’isolat
— Date de l’antibiogramme
— Substance antimicrobienne
— Valeur (en mg/l) de la concentration minimale inhibitrice (CMI)
— Tests de synergie à l’acide clavulanique pour la ceftazidime
— Tests de synergie à l’acide clavulanique pour le céfotaxime
2. 2. Communication des résultats du SGE
Les informations suivantes sont fournies pour chaque isolat:
— Identifiant unique ou code de l’isolat
— Espèce bactérienne
— Population d’animaux producteurs d’aliments ou catégorie de denrées alimentaires
— Point du prélèvement
— Type d’échantillon
— Code Traces du poste de contrôle frontalier (uniquement pour les analyses des viandes importées)
— Référence du DSCE de l’envoi (uniquement pour les analyses des viandes importées)
— Pays d’origine de l’envoi (uniquement pour les analyses des viandes importées)
— Échantillonneur
— Stratégie d’échantillonnage
— Date d’échantillonnage
— Date de début de l’analyse (isolement)
— Identifiant ou code de l’isolat donné par le laboratoire
— Date du séquençage
— Version de l’outil prédictif
— Données sur les gènes conférant une RAM
— Technologie de séquençage utilisée
— Méthode de préparation de banques utilisée