1. L'agence est administrée par un conseil d'administration composé de son président, de représentants du personnel et de quatre collèges comprenant, pour le premier, des représentants de l'Etat, pour le deuxième, des représentants des associations agréées compétentes en matière de protection de l'environnement, de la santé et de défense des consommateurs et des représentants des organisations professionnelles, pour le troisième des représentants des organisations syndicales représentatives d'employeurs et de salariés au niveau national, pour le quatrième de personnalités qualifiées choisies en raison de leurs compétences dans les domaines relevant des missions de l'agence. Les droits de vote sont répartis pour moitié entre les membres du premier collège et pour moitié entre les autres membres du conseil d'administration.
2. L'agence est dirigée par un directeur général.
3. Le président du conseil d'administration et le directeur général sont nommés par décret.
4. Le conseil d'administration délibère sur les orientations pluriannuelles et le bilan d'activité annuel, les programmes d'investissement, le budget et les comptes, les subventions éventuellement attribuées par l'agence, l'acceptation des dons et legs.
5. Le directeur général émet les avis et les recommandations et prend les décisions qui relèvent de la compétence de l'agence en application des articles L. 1336-1 à L. 1336-4.
6. Un conseil scientifique veille à la cohérence de la politique scientifique de l'agence.