1. Département du Jura
2. Cours d'eau, canaux et plans d'eau de 1re catégorie
3. 1° La Valserine ;
4. 2° L'Ain, en amont du confluent de l'Oignin, à l'exception du lac de Coiselet ;
5. 3° Le Suran ; la Valouse, à l'exception du lac de retenue de Cize-Bolozon ;
6. 4° La Seille, en amont du pont de Cosges ; la Seillette, en amont du pont de la R.D. 470 (commune de Villevieux) ; la Brenne, en amont du pont de la route de Toulouse-le-Château à Sellières, dit pont de Baudin (commune de Sellières) ; la Vallière, en amont du rond-point de la Libération (commune de Lons-le-Saunier) ;
7. 5° La Sorne, la Sonnette ;
8. 6° Le Besançon, en amont de la voie ferrée de Lyon à Strasbourg ; la Gizia ;
9. 7° L'Orain, en amont du pont de la route de Brainans à Villerserine ;
10. 8° La Loue et ses affluents : la Furieuse et le Lizon ;
11. 9° L'Orbe, à l'exception du lac des Rousses ;
12. 10° La Vèze ;
13. 11° Les affluents et sous-affluents des cours d'eau ou parties de cours d'eau désignés ci-dessus, à l'exception des lacs du Val, de Chambly, de Bonlieu, de Clairvaux et de Chalain.
14. Cours d'eau, canaux et plans d'eau de 2e catégorie
15. Tous les cours d'eau, canaux et plans d'eau non classés en 1re catégorie.