1. I. - L'établissement est soumis au contrôle financier prévu par le décret du 25 octobre 1935 relatif à l'institution du contrôle financier des offices administratifs et établissements publics autonomes de l'Etat.
2. Les modalités d'exercice de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint des ministres chargés de la marine marchande et du budget.
3. II. - Les opérations financières et comptables de l'établissement sont effectuées conformément aux dispositions du décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique.
4. Par arrêté conjoint, les ministres chargés de la marine marchande et du budget fixent les modalités d'application de cette réglementation à l'établissement.
5. III. - Les comptes annuels du régime sont établis par l'agent comptable et arrêtés par le directeur. Les comptes annuels sont ensuite présentés par le directeur et l'agent comptable à l'organe délibérant de l'établissement qui, au vu de l'opinion émise par l'instance chargée de la certification, les approuve sauf vote contraire à la majorité des deux tiers des membres.