1. Les objectifs, l'organisation, le contenu et le déroulement de la scolarité des élèves commissaires sont fixés par instruction du directeur central du service du commissariat des armées. Cette instruction fixe également la composition du conseil de la formation de l'école des commissaires des armées.
2. Ce conseil de la formation se réunit au moins une fois par an. Il est consulté sur le contenu du programme général d'enseignement, le déroulement des formations et les méthodes pédagogiques utilisées. Il propose les évolutions de la scolarité qui lui paraissent nécessaires. Il s'assure de l'adéquation entre la formation dispensée et les fonctions exercées au sein des forces armées, directions et services du ministère de la défense à l'issue de la formation initiale.
3. Une circulaire annuelle, signée du directeur central du service du commissariat des armées, portant « programme général d'enseignement » décrit les disciplines et activités programmées, les conditions d'organisation des examens ainsi que les coefficients afférents à chaque cycle d'enseignement.
4. Le programme des périodes de formation au sein des organismes relevant des armées, directions et services est arrêté après concertation avec le directeur des ressources humaines de chaque armée, direction et service.