Le budget est établi, exécuté et fait l’objet d’une reddition de comptes dans le respect du principe de transparence.
Le budget et les budgets rectificatifs, tels qu’ils ont été définitivement arrêtés, sont transmis pour information à l’autorité budgétaire, à la Cour des comptes et à la Commission, et publiés sur le site internet de l’agence concernée. Un résumé des budgets et des budgets rectificatifs est publié au Journal officiel de l’Union européenne dans un délai de trois mois à compter de leur adoption.
Ce résumé contient les cinq principales lignes budgétaires de recettes et les cinq principales lignes budgétaires de dépenses, le tableau des effectifs et une estimation des effectifs en personnel contractuel, exprimée en équivalents temps plein pour lesquels les crédits sont budgétisés, ainsi que des experts nationaux détachés. Elle mentionne également les chiffres de l'exercice précédent.
L'agence communique, sur son site internet, des informations sur les bénéficiaires de fonds en provenance de son budget, notamment les noms des experts engagés conformément à l'article 50 ter. Les informations publiées sont aisément accessibles, claires et exhaustives. Ces informations sont communiquées dans le respect des exigences de confidentialité, en particulier de protection des données à caractère personnel énoncées dans le règlement (CE) no 45/2001 du Parlement européen et du Conseil du 18 décembre 2001 relatif à la protection des personnes physiques à l’égard du traitement des données à caractère personnel par les institutions et organes communautaires et la libre circulation de ces données et des exigences de sécurité.
Lorsque les informations ne sont publiées que sous une forme anonyme, l'agence communique au Parlement européen de manière appropriée, sur demande, les informations relatives aux bénéficiaires concernés.