La Commission, dans le cadre de la procédure relative à l'adoption du budget général, transmet à l'autorité budgétaire l'état prévisionnel de l'agence, et propose le montant de la subvention destiné à l'agence et les effectifs qu'elle estime nécessaires pour celle-ci. La Commission établit le projet de tableau des effectifs de l'agence et une estimation des effectifs en personnel contractuel exprimés en équivalents temps plein pour lesquels les crédits sont proposés.
Le budget de fonctionnement de l'agence ne peut être adopté de manière définitive qu'après l'arrêt définitif du budget général de l'Union européenne, conformément à la procédure prévue à l’article 13 du règlement (CE) no 58/2003.
L’autorité budgétaire arrête le tableau des effectifs de toutes les agences, ainsi que toute modification ultérieure de celui-ci, dans le respect des dispositions de l'article 24. Le tableau des effectifs est publié dans une annexe de la section III — Commission — du budget général.
Toute modification au budget, y compris au tableau des effectifs, fait l'objet d'un budget rectificatif adopté conformément à la même procédure que pour le budget initial, sous réserve des articles 18 et 24.