La fonction d’auditeur interne est exercée dans les agences exécutives par l’auditeur interne de la Commission.
L'auditeur interne de la Commission exerce, à l’égard des agences exécutives, les mêmes compétences que celles qui lui sont attribuées à l’égard des services de la Commission conformément aux articles 85 et 86 du règlement financier général. Il fait rapport au comité de direction et au directeur de ses constatations et recommandations. Ceux-ci assurent le suivi des recommandations issues des audits et en informent la Commission. L'auditeur interne indique, dans son rapport annuel présenté à la Commission conformément à l'article 86, paragraphe 3, du règlement financier général, le nombre et le type des audits portant sur les agences, les recommandations formulées et les suites données à ces recommandations. Ces informations sont également transmises à l'agence concernée.
La responsabilité de l’auditeur interne, dans l’exercice de ses fonctions, est déterminée conformément à l’article 87 du règlement financier général.
Le directeur établit annuellement un rapport résumant le nombre et le type des audits internes effectués par l'auditeur interne, les recommandations formulées et les suites données à ces recommandations. Il transmet ce rapport à la Commission après en avoir préalablement informé le comité de direction. La Commission inclut ce rapport dans son rapport conformément à l'article 86, paragraphe 4, du règlement financier général.