Le Parlement européen, sur recommandation du Conseil, qui statue à la majorité qualifiée, donne décharge au directeur sur l'exécution du budget de l'exercice n au plus tard le 15 mai de l'année N+2. Le directeur informe le comité de direction des observations du Parlement européen contenues dans la résolution accompagnant la procédure de décharge.
La décision de décharge porte sur les comptes de la totalité des recettes et dépenses de l'agence, ainsi que sur le solde qui en découle et sur l’actif et le passif de l'agence décrits dans le bilan financier. Cette décharge est accordée concomitamment avec celle portant sur l'exécution du budget général de l'Union européenne.
En vue d’octroyer la décharge, le Parlement européen examine, à la suite du Conseil, les comptes, les états financiers et les états sur l’exécution budgétaire de l'agence. Il examine également le rapport de la Cour des comptes visé à l'article 14, paragraphe 3, du règlement (CE) no 58/2003 accompagné des réponses du directeur.
Le directeur soumet au Parlement européen, à la demande de ce dernier, de la même manière que prévu à l’article 146, paragraphe 3, du règlement financier général, toute information nécessaire au bon déroulement de la procédure de décharge pour l’exercice en cause.