1. Les États membres désignent, dans les deux années suivant l'adoption du présent règlement et sur la base des informations visées à l'article 5 du présent règlement, d'autres zones de pêche protégées que celles déjà protégées au moment de l'entrée en vigueur du présent règlement, à l'intérieur de leurs eaux territoriales, et dans lesquelles les activités de pêche peuvent être interdites ou limitées pour conserver et gérer les ressources aquatiques vivantes ou maintenir ou améliorer l'état de conservation des écosystèmes marins. Les autorités compétentes des États membres concernés décident quels engins de pêche il est permis d'utiliser dans lesdites zones protégées et arrêtent les règles techniques adéquates, qui doivent être au moins aussi rigoureuses que celles prévues par la législation de l'Union.
2. Les États membres peuvent ultérieurement désigner d'autres zones de pêche protégées ou modifier les limites et les règles de gestion établies conformément au paragraphe 1 sur la base de nouvelles informations scientifiques pertinentes. Les États membres et la Commission prennent les mesures appropriées pour que les informations scientifiques utiles soient collectées en vue de l'identification scientifique et de la représentation cartographique des zones devant être protégées conformément au présent article.
3. Les mesures visées aux paragraphes 1 et 2 sont notifiées à la Commission. Lorsqu'ils appliquent les dispositions des paragraphes 1 et 2, les États membres informent la Commission des raisons scientifiques, techniques et juridiques pour lesquelles des mesures spéciales sont nécessaires.
4. Lorsque la création d'une zone de pêche protégée est envisagée dans les eaux territoriales d'un État membre et que cette mesure est susceptible d'avoir des conséquences pour les navires d'un autre État membre, la désignation n'intervient qu'après consultation de la Commission, de l'État membre et du conseil consultatif régional concerné, selon la procédure prévue à l'article 8, paragraphes 3 à 6, du règlement (CEE) no 2371/2002.
5. Si la Commission estime que les mesures de gestion de la pêche notifiées conformément au paragraphe 3 ne sont pas suffisantes pour assurer un degré élevé de protection des ressources et de l'environnement, elle peut, après avoir consulté l'État membre concerné, soit demander à celui-ci de modifier les mesures en cause, soit proposer que le Conseil désigne une zone de pêche protégée ou arrête des mesures de gestion de la pêche pour les eaux concernées.