(54) Concernant en premier lieu la période 2008-2018, qui correspond à une partie de la période couverte par l’examen préliminaire des présentes mesures par la Commission, avant mise en œuvre de la nouvelle séparation comptable de l’INRAP:
— La Commission relevait dans sa décision d’ouverture que la nécessité d’améliorer la comptabilité analytique de l’INRAP a été préconisée à plusieurs reprises depuis 2013. Ainsi, dans le cadre du référé no 67181 du 6 juin 2013 adressé par le Premier Président de la Cour des comptes à la ministre de la culture et de la communication et à la ministre de l’enseignement supérieur et de la recherche, il avait été indiqué que «plusieurs actions [apparaissaient] nécessaires de manière urgente pour garantir le respect du libre jeu de la concurrence et préserver le niveau de qualité scientifique des opérations de fouilles». En particulier, il avait été fait mention de la nécessité de «[perfectionner] la méthode de comptabilité analytique actuellement utilisée par l’INRAP». Par ailleurs, dans le cadre du rapport public annuel de la Cour des comptes de 2016, le ministre des finances et des comptes publics et le secrétaire d’état chargé du budget reconnaissaient que «la mise en place de la comptabilité analytique des coûts reste à achever au sein de l’INRAP».
— En outre, comme soulevé par EVEHA et noté par la Commission dans la décision d’ouverture, l’Autorité de la Concurrence (ci-après l’«AdlC») relevait, dans le cadre de sa décision du 1er juin 2017, que la comptabilité analytique de l’INRAP n’était pas satisfaisante pour garantir une séparation comptable et financière étanche et fiable entre les activités non-concurrentielles et les activités concurrentielles de l’INRAP. Elle ajoutait qu’il «ne peut dès lors être exclu qu’il existe un risque de subventions croisées entre ses activités [non lucratives et lucratives], susceptible de se traduire par la mise en œuvre de pratiques tarifaires pouvant constituer des prix prédateurs ou pouvant produire des effets d’éviction». L’AdlC notait «que les revenus tels qu’affectés par l’INRAP à ses activités lucratives sont inférieurs aux charges affectées à ces mêmes activités lucratives depuis 2013, alors que les ratios relatifs à l’activité globale de l’établissement connaissent une évolution inverse, ce qui laisse penser que l’activité globale de l’INRAP est portée par ses activités non lucratives (l’activité globale de l’INRAP étant composée de la somme des activités lucratives et non lucratives)». Ainsi, l’AdlC avait accepté les engagements pris par l’INRAP concernant la mise en place d’une «comptabilité analytique permettant non seulement de garantir une stricte séparation comptable et financière (étanche et fiable) entre ses activités non-lucratives et ses activités lucratives, mais aussi d’assurer une traçabilité des moyens alloués à chacune de ses missions pour prévenir tout risque de subventions croisées» et les avait rendus obligatoires.